Autodock做抗体对接的问题

川大-灰太狼

暗地纯白 发表于 2014-1-13 11:12

                               
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当时我就是根据这个图以H3的原子坐标设计盒子，变换过来之后我以234的原子坐标设计盒子，可行吗？ ...

试试不就知道了吗：）为什么不行呢，只要指定到对应的结合位置就行。

暗地纯白

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 20:44

                               
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试试不就知道了吗：）为什么不行呢，只要指定到对应的结合位置就行。

问题已经解决，谢谢

川大-灰太狼

暗地纯白 发表于 2014-1-13 22:17

                               
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问题已经解决，谢谢

呵呵，只要思路对了就行 嘿嘿！继续努力

暗地纯白

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:22

                               
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如果你非要用autodock，那么你就把蛋白的可旋转键减少到32个以内。对接完成后 使用MD进行进一步研究！ ...

小弟用ADT将两个蛋白进行对接完成，可是在分析结果的时候得到的结合能如下图所示：请问这是为什么有这么大的值？又把盒子设计大到全为126，能值=280，不知道是什么原因导致的？

川大-灰太狼

暗地纯白 发表于 2014-1-16 15:56

                               
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小弟用ADT将两个蛋白进行对接完成，可是在分析结果的时候得到的结合能如下图所示：请问这是为什么有这么大 ...

打分函数现在已经不能满足你的需求了：）所以会出现这样的能量值，不用管这个，拿到对接后的结果，去做MD吧！

暗地纯白

川大-灰太狼 发表于 2014-1-16 17:01

                               
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打分函数现在已经不能满足你的需求了：）所以会出现这样的能量值，不用管这个，拿到对接后的结果，去做MD ...

打分函数不能满足的意思我可以理解为蛋白-蛋白对接打分函数不能满足吗？如果不用管这个打分函数，那么结果有10个复合物，其中有几个的分数值是一样的，我是不是随便选择一个去进行MD还是有其他的什么原则？这样的复合物去做MD的可行性又如何？
谢谢

暗地纯白

川大-灰太狼 发表于 2014-1-16 17:01

                               
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打分函数现在已经不能满足你的需求了：）所以会出现这样的能量值，不用管这个，拿到对接后的结果，去做MD ...

太郎哥，请您看看我上面的问题怎么样？谢谢

川大-灰太狼

暗地纯白 发表于 2014-1-17 13:57

                               
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打分函数不能满足的意思我可以理解为蛋白-蛋白对接打分函数不能满足吗？如果不用管这个打分函数，那么结 ...

我不是告诉你了吗：）Autodock其实不擅长做蛋白-蛋白对接，你如果偏要用，那就只能抛弃一些东西。你需要选择几个典型的来做MD看看谁的结合能最低或者谁最符合你的要求。

暗地纯白

川大-灰太狼 发表于 2014-1-21 00:19

                               
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我不是告诉你了吗：）Autodock其实不擅长做蛋白-蛋白对接，你如果偏要用，那就只能抛弃一些东西。你需要 ...

哦，好的，谢谢您了。

飞毛腿

暗地纯白 发表于 2014-1-21 10:36

                               
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哦，好的，谢谢您了。

还是不建议你继续用autodock做，很难满足这个要求的，
你想一下那个盒子能不能塞得下你的蛋白

建议你用zdock或rosettadock，这两个都有在线服务器，很简单的。
http://zdock.umassmed.edu/   这是zdock
http://rosettadock.graylab.jhu.edu/antibody   这是rosettadock的antibody 专门对接抗原抗体