Autodock做抗体对接的问题

暗地纯白

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:22

                               
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如果你非要用autodock，那么你就把蛋白的可旋转键减少到32个以内。对接完成后 使用MD进行进一步研究！ ...

我直接就把所有的键选择为non-rotatable，再往下做的，听他们说这样可行，您看看行吗？

川大-灰太狼

暗地纯白 发表于 2014-1-13 09:41

                               
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我直接就把所有的键选择为non-rotatable，再往下做的，听他们说这样可行，您看看行吗？ ...

可以做，但接下来你还是要做做MD才比较稳当，和有说服力。

墨竹晓风

旋转键太多的话，只做对接的结果不太靠谱。建议用MD

暗地纯白

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:22

                               
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如果你非要用autodock，那么你就把蛋白的可旋转键减少到32个以内。对接完成后 使用MD进行进一步研究！ ...

假若我上述步骤可行的话，之前一开始的问题
在准备配体：ligand /Torsin tree / Detect Root 这一步之后提示autoroot not implemented for moclecules with 〉1 chian？
   我是不是要删掉两条链中的一条？还是有其他的方法？

暗地纯白

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 09:42

                               
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可以做，但接下来你还是要做做MD才比较稳当，和有说服力。

哦，太谢谢了

暗地纯白

墨竹晓风 发表于 2014-1-13 09:47

                               
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旋转键太多的话，只做对接的结果不太靠谱。建议用MD

谢谢指点

川大-灰太狼

暗地纯白 发表于 2014-1-13 09:49

                               
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假若我上述步骤可行的话，之前一开始的问题
在准备配体：ligand /Torsin tree / Detect Root 这一步之后 ...

如果你坚持用抗体来对接蛋白，那就只能分开来，一条链AD识别为一个配体。先对接第一条链，H链或者L链，然后对接第二条。

暗地纯白

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 10:16

                               
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如果你坚持用抗体来对接蛋白，那就只能分开来，一条链AD识别为一个配体。先对接第一条链，H链或者L链，然 ...

我的受体在文献中报到是两条链同时配体结合的，现在分开再对接可行吗？如下：

如果要分开，现在这个抗体我已经进行了gromacs的能量最小化，是直接把它分开为两条链，还是一开始就先分开之后再进行能量最小化？

川大-灰太狼

暗地纯白 发表于 2014-1-13 10:31

                               
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我的受体在文献中报到是两条链同时配体结合的，现在分开再对接可行吗？如下：

如果要分开，现在这个抗体 ...

呵呵 你就变通下吧，抗体作为蛋白，另外个蛋白作为配体，这样你就不用分链对接了哈：）

暗地纯白

川大-灰太狼 发表于 2014-1-13 10:38

                               
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呵呵 你就变通下吧，抗体作为蛋白，另外个蛋白作为配体，这样你就不用分链对接了哈：） ...

当时我就是根据这个图以H3的原子坐标设计盒子，变换过来之后我以234的原子坐标设计盒子，可行吗？