gromacs中GDP的top文件用什么生成？

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-1-8 11:08:32

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我尝试了acpype，但是先用chimera加氢加电荷的时候，电荷不为整数。提示出错。有处理过GDP鸟嘌呤二核苷酸磷酸的top的吗？请指教。

夏夜晚风 · 发表于 2014-1-8 14:21:15

直接在acpype中用 -n 指定净电荷数。If not given, ACPYPE will use the Gasteiger
method to guess the charge. This is not a dependable procedure, however, and might result in
an incorrect overabundancell charge.

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-1-8 14:35:23

夏夜晚风发表于 2014-1-8 14:21

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直接在acpype中用 -n 指定净电荷数。If not given, ACPYPE will use the Gasteiger
method to guess the c ...

不是很明白，能详细的说一下吗？或者有没有网页上面介绍了我可以去看一下。谢谢。你以前做过GDP的top文件吗

夏夜晚风 · 发表于 2014-1-8 18:07:41

不经意间的呐喊发表于 2014-1-8 14:35

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不是很明白，能详细的说一下吗？或者有没有网页上面介绍了我可以去看一下。谢谢。你以前做过GDP的top文件 ...

我没有用acpype对GDP进行过参数化。之前做的是辅酶NADH，有两个单位负电荷，命令行使用 -n -2；具体可以看看acpype原文献。google scholar直接收索 ACPYPE - AnteChamber PYthon Parser interfacE

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