gromacs top文件无法自动添加离子问题

开心果

大家好 我的gromacs是4.5.3版的按理说top文件是可以自动添加离子的eg:
[ molecules ]; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
SOL              4025
CL                  2
但是我第一次做的教程是蜘蛛毒素肽的教程它加离子的一步是
genion -s fws_em.tpr -o fws_ion.gro -nname CL -nn 2 -g fws_ion.log运行之后top文件没有变化，没有自动添加离子。
我又练习了一个教程是官网上的Lysozyme in Water教程 它相对应的添加离子的这一步是这样的
genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn8 这一次运行的结果发现top文件就可以自动添加离子了 。
分析这俩者的不同主要在-g fws_ion.log和-p topol.top 上， 那这俩者有什么区别呢 ？
并且我发现在蜘蛛毒素肽的下一步是要重新运行grompp em.mdp 的但是在Lysozyme in Water的相应的下一步直接就能量最小化了

开心果

cedarice 发表于 2014-1-7 16:24

                               
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官方解释是这样的：
genion randomly replaces solvent molecules with monoatomic ions. The group of sol ...

噢 也就是说手动添加 或用-p 自动添加都可以呗 谢谢哦

开心果

cedarice 发表于 2014-1-8 09:14

                               
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是的，不用谢哈

嘿嘿 你真是太热心 太好了