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[AMBER] Amber动力学结果分析

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发表于 2014-1-7 13:36:17 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好!我用Amber模拟了一个蛋白的构象变化,这个蛋白包含两个亚基,在模拟过程中发现这两个亚基发生了刚性的相对旋转,即twisting,请问大家:我如何能表征出这样的相对旋转??我看文献可以用角度,但是我不知道什么样的角度适合。还有,在amber里面可以定义蛋白每个亚基的主成分轴吗??如果可以,用两个亚基主成分轴的夹角也可以进行表征。感谢大家的耐心解答!
发表于 2014-1-7 20:28:45 | 显示全部楼层
用二面角多一些
 楼主| 发表于 2014-1-8 10:43:00 | 显示全部楼层
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