gromacs 时遇到问题

开心果 · 发表于 2014-1-3 10:52:17

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在做这一步的时候grompp -f em.mdp -c trp_b4em.gro -p trp.top -o trp_em.tpr遇到了问题
Fatal error:
moleculetype CU1 is redefined 谁遇到了相似的问题能告诉一下都有可能是哪里出现了问题呢我没有找到

海洋 · 发表于 2014-1-4 10:22:04

最好能截屏图片上传到论坛里！

whl2dxl · 发表于 2014-1-5 12:59:45

本帖最后由 whl2dxl 于 2014-1-5 13:59 编辑

这个问题是由于你在 top文件或者 itp文件里面重复定义了 CU1 这个残基或者分子组。仔细检查一下拓扑结构文件吧。
例如：你在 ***.top 里面定义了
[moleculetype]
CU1 2
同时，你还 include ***.itp文件, 而这个itp文件中也有这样一个定义，那么肯定会出现这种问题

开心果 · 发表于 2014-1-7 15:02:28

谢谢大家热心帮忙 {:soso_e100:} 近几天忙别的东西了所以没有上论坛来

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