gromacs金属离子处理

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-1-2 11:15:25

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在做gromacs的时候，遇到金属离子和配体形成配位作用，请大家指教如何对金属离子CA处理？

川大-灰太狼 · 发表于 2014-1-2 22:48:10

不会又是上次那个 CA alpha碳原子吧：） CA多不多呀？

不经意间的呐喊 · 发表于 2014-1-3 09:54:00

川大-灰太狼发表于 2014-1-2 22:48

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不会又是上次那个 CA alpha碳原子吧：） CA多不多呀？

钙离子，越看越迷茫了。看到有人amber做，gromacs做这个文献很少。不知道怎么处理了？难道就是简单的限制一下吗

川大-灰太狼 · 发表于 2014-1-3 11:01:26

不经意间的呐喊发表于 2014-1-3 09:54

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钙离子，越看越迷茫了。看到有人amber做，gromacs做这个文献很少。不知道怎么处理了？难道就是简单的限制 ...

请查看 gromacs的 constrain说明。

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