生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 2428|回复: 5

[Gromacs] GMX在ubuntu系统下的安装,小编个人的安装经验仅供参考!

[复制链接]
发表于 2015-9-23 12:12:26 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
  首先  我是系统管理员下面的一个子用户,所以没有管理员权限,安装过程有点麻烦,但是安装开源的软件都可以在我自己目录下面!  不喜勿喷!
1-安装cmake
    去cmake官网下载 cmake-3.3.1.tar.gz
    tar -xvf cmake-3.3.1.tar.gz
    cd cmake
    cd cmake-3.3.1
    这一步是关键 ./bootstrap --prefix=/路径/cmake3.3.1
    make
    make install
    设置cmake环境变量    去修改bashrc文件 (或者在用户bin里 建一个文件 放入cmake的路径 把文件设置可执行  这个方法不正规)
    运行cmake看看有没有装好
2-gromacs的安装
  去官网下载gromacs-5.1.tar.gz
  tar -xvf gromacs-5.1.tar.gz
  cd gromacs-5.1
  mkdir build
  cd build
  cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_SIMD=None -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/路径/gmx/gromacs-5.1
  make
  make install
  source  /路径/gromacs-5.1/bin/GMXRC
  GMXRC是配置文件,可在bashrc里面加入环境变量  vi .bashrc 然后 source  /路径/gromacs-5.1/bin/GMXRC  source .bashrc即可
注意:-DGMX_SIMD=None  这里做了改变,安装对于不同的电脑,官网的还是需要自己去探索,不是一成不变的安装过程
以上是小编的安装新得  希望对新手小白有所帮助!

评分

参与人数 1金币 +5 收起 理由
川大-灰太狼 + 5 能分享就是对大家的贡献,给予肯定!.

查看全部评分

发表于 2015-9-23 14:53:40 | 显示全部楼层
本帖最后由 greatzdl 于 2015-9-23 14:55 编辑

请问-DGMX_SIMD=None 这个改变是什么意思,如此设置对我的编译结果会有什么影响呢?希望能得到您的回复。我也是小白
 楼主| 发表于 2015-9-24 08:49:04 | 显示全部楼层
greatzdl 发表于 2015-9-23 14:53
请问-DGMX_SIMD=None 这个改变是什么意思,如此设置对我的编译结果会有什么影响呢?希望能得到您的回复。我 ...

greatzdl   你怎么又跑过来了?上个帖子你还没闹够?
发表于 2015-9-24 09:04:09 | 显示全部楼层
prince好先森 发表于 2015-9-24 08:49
greatzdl   你怎么又跑过来了?上个帖子你还没闹够?

互相交流嘛
上个帖子最后的你的留言我没看到,然后帖子就没有了。
我感到很遗憾。
大家都是小白,互相交流嘛
 楼主| 发表于 2015-9-24 14:42:56 | 显示全部楼层
您是大神 我是小白 好不!你要是闲着蛋疼,你去别的地方逛逛吧!
发表于 2015-9-25 09:29:24 | 显示全部楼层
prince好先森 发表于 2015-9-24 14:42
您是大神 我是小白 好不!你要是闲着蛋疼,你去别的地方逛逛吧!

你说话好难听啊,
你这态度不是学习交流的态度啊
感觉你这样做 是在给论坛抹黑
请你回答一下我的问题吧?
请问-DGMX_SIMD=None 这个改变是什么意思,如此设置对我的编译结果会有什么影响呢?希望能得到您的回复。我也是小白

谢谢
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3 )

GMT+8, 2021-1-24 11:00 , Processed in 0.064386 second(s), 20 queries .

Powered by Discuz! X3.4

Copyright © 2001-2020, Tencent Cloud.

快速回复 返回顶部 返回列表