ligplus的安装与使用（显示配体-受体2维相互作用图）

墨竹晓风

ydianlove 发表于 2014-12-9 10:35
晓风兄，我安装了ligplus，但是没有下载 the het group文件（你给的这个ftp的链接打不开呢）就把pdb文件输 ...

你好，the het group文件我上传到网盘了。你可以下载看看。没有这个文件的话，结果是不正确的。更新日期：2016年5月：https://yunpan.cn/cSFwUXNXxW2PX （提取码：1605）

ydianlove

晓风兄，我安装了ligplus，但是没有下载 the het group文件（你给的这个ftp的链接打不开呢）就把pdb文件输入进去了，然后结果会有影响吗？从我看到的结果来看，它只显示了疏水作用，可是我的结构里边也是有氢键的，它好像把氢键和疏水作用显示在一起了。

暗地纯白

墨竹晓风 发表于 2014-2-27 09:26

                               
登录/注册后可看大图

是用什么方案解决的呢？

如你所言，添加链

墨竹晓风

暗地纯白 发表于 2014-2-26 10:30

                               
登录/注册后可看大图

谢谢，问题已经解决，太感谢了

是用什么方案解决的呢？

暗地纯白

墨竹晓风 发表于 2014-2-26 08:09

                               
登录/注册后可看大图

把前面的残基重命名为A链，后面的残基重命名为H链。

谢谢，问题已经解决，太感谢了

墨竹晓风

暗地纯白 发表于 2014-2-25 11:03

                               
登录/注册后可看大图

是的，有一个是dimplot，但是它上面说的选择区域是（比如：1-300 A & 1-100H）但是我通过DS另存为pdb之后 ...

把前面的残基重命名为A链，后面的残基重命名为H链。

暗地纯白

大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-25 10:55

                               
登录/注册后可看大图

当然不是，ligplus既可以显示蛋白-蛋白，也可以显示蛋白-配体，但是在Ligplus的界面处需要选择，有个叫li ...

是的，有一个是dimplot，但是它上面说的选择区域是（比如：1-300 A & 1-100H）但是我通过DS另存为pdb之后，它里面没有显示A链和H链，这样上面选择区域的这一步，该如何选择？

大工-阿里巴巴

暗地纯白 发表于 2014-2-25 10:30

                               
登录/注册后可看大图

我用DS另存为pdb之后再载入ligplus，还是显示没有配体，我对比DS前，发现在pdb文件的后面多了N1+、H、C、 ...

当然不是，ligplus既可以显示蛋白-蛋白，也可以显示蛋白-配体，但是在Ligplus的界面处需要选择，有个叫ligplot,还有个叫dimplot

暗地纯白

大工-阿里巴巴 发表于 2014-2-24 17:18

                               
登录/注册后可看大图

对的，果断用别的软件另存一下，再载入ligplus

我用DS另存为pdb之后再载入ligplus，还是显示没有配体，我对比DS前，发现在pdb文件的后面多了N1+、H、C、O等一列，可是载入还是显示没有配体，跟pdb数据库里下载的蛋白对比，pdb里面有H、L链等，可是我合成的这个复合物没有H、L链。自己添加上去，DS打开就是乱七八糟的结构。该如何才能让其在ligplus上显示（据说ligplus是用于蛋白跟小分子，而我的蛋白-蛋白似乎不能用，是这样吗？）

大工-阿里巴巴

暗地纯白 发表于 2014-2-24 15:35

                               
登录/注册后可看大图

我是通过hex protein docking得到的复合物pdb结构，打开它如下图
合成的这个复合物居然没有显示出A链、H ...

对的，果断用别的软件另存一下，再载入ligplus