KOBAmin服务器-基于经验势函数的蛋白质结构修正

大工-阿里巴巴

目的：蛋白质结构优化。当大家通过同源模建获得了一个蛋白质的三维结构后，可能需要对其进行快速的修正，以便用于进一步的对接和分子动力学研究。KOBAmin服务器就可以实现这一功能
开发者：levitt lab（今年诺贝尔化学奖获得者之一）
网址：http://csb.stanford.edu/kobamin/about.html
简单介绍：
分为两个阶段的优化，首先是基于经验势函数的优化，其次是根据特定的立体化学原则进行进一步优化，比如空间clash,不合理的侧链二面角等等。
用法很简单，大家自己看看网站的介绍即可
参考文献：http://nar.oxfordjournals.org/content/40/W1/W323.long

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qian430 发表于 2013-10-12 22:42

                               
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阿里哥，能不能透漏下你是怎么发现这么多好东东的

NAR（核酸研究）上每年都有软件和服务器的专辑，会有很多好东西的~哈哈~

夏夜晚风

经验势函数就是他们自己开发的一个立场吧？

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夏夜晚风 发表于 2013-10-12 16:55

                               
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经验势函数就是他们自己开发的一个立场吧？

the initial structures are first submitted to a powerfully convergent energy minimization using the hybrid knowledge-based potential (KB01), which includes ENCAD bonded terms and a statistically derived continuously differentiable potential of mean force for non-bonded terms.
晚风看看这里就明白了~哈哈