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[原创] KOBAmin服务器-基于经验势函数的蛋白质结构修正

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发表于 2013-10-12 12:08:23 | 显示全部楼层 |阅读模式

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目的:蛋白质结构优化。当大家通过同源模建获得了一个蛋白质的三维结构后,可能需要对其进行快速的修正,以便用于进一步的对接和分子动力学研究。KOBAmin服务器就可以实现这一功能
开发者:levitt lab(今年诺贝尔化学奖获得者之一)
网址:http://csb.stanford.edu/kobamin/about.html
简单介绍:
分为两个阶段的优化,首先是基于经验势函数的优化,其次是根据特定的立体化学原则进行进一步优化,比如空间clash,不合理的侧链二面角等等。
用法很简单,大家自己看看网站的介绍即可
参考文献:http://nar.oxfordjournals.org/content/40/W1/W323.long

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西大-song + 10 很给力!

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 楼主| 发表于 2013-10-13 11:05:37 | 显示全部楼层

NAR(核酸研究)上每年都有软件和服务器的专辑,会有很多好东西的~哈哈~
发表于 2013-10-12 16:55:31 | 显示全部楼层
经验势函数就是他们自己开发的一个立场吧?
 楼主| 发表于 2013-10-12 18:53:03 | 显示全部楼层
夏夜晚风 发表于 2013-10-12 16:55
经验势函数就是他们自己开发的一个立场吧?

the initial structures are first submitted to a powerfully convergent energy minimization using the hybrid knowledge-based potential (KB01), which includes ENCAD bonded terms and a statistically derived continuously differentiable potential of mean force for non-bonded terms.
晚风看看这里就明白了~哈哈
发表于 2013-10-12 22:42:38 | 显示全部楼层
阿里哥,能不能透漏下你是怎么发现这么多好东东的
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