使用MolAICal将分子切割成片段

MolAICal

使用MolAICal将分子切割成片段

更多教程（含英文教程）请见如下：

MolAICal官方主页：https://molaical.github.io

MolAICal 文章介绍：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161

MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html

MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com

1.简介

在有些情况下需要将配体分子切割成小片段，进而研究其片段特性。MolAlCal 提供了一种根据可旋转键将配体切割成小片段的方法。在本教程中，介绍了MolAICal中片段切割的操作方法。

2.工具

2.1. 所需软件下载地址

1)MolAICal: https://molaical.github.io

2.2. 操作示例文件

所有用到的操作教程文件均可在下面的网站下载：

https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/013-fragmentSplit

3.操作流程

转至“013-fragmentSplit”文件目录下：

#> cd  013-fragmentSplit

准备输入文件“list.dat”，“list.dat”文件中包含了配体文件名：

1. 在不进行加氢或去氢操作的情况下将配体分裂成小片段：

[mw_shl_code=bash,true]#> molaical.exe -tool fragSplit -i list.dat -o inital -oa results
或
#> molaical.exe -tool fragSplit -i list.dat -o inital -oa results -w off
[/mw_shl_code]

2. 将配体分解为小片段并加氢

[mw_shl_code=bash,true]#> molaical.exe -tool fragSplit -i list.dat -o inital -oa results -w add[/mw_shl_code]

3. 将配体分解为小片段并去氢

[mw_shl_code=bash,true]#> molaical.exe -tool fragSplit -i list.dat -o inital -oa results -w del[/mw_shl_code]

注意: 文件“initial”包含了没有进行加氢或去氢操作的分子片段。 文件“results”包含运行过“-w”特定命令的文件，其中参数“-w”表明MolAICal是否进行氢原子的删除和添加操作。

另外如果想要将切割的片段或配体合并到一个文件中，可使用下面的命令：

[mw_shl_code=bash,true]#> molaical.exe -tool merge -m mol2 -i results -o all_frag.mol2[/mw_shl_code]