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[其他] 使用MolAICal将分子切割成片段

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发表于 2020-8-16 20:56:18 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 MolAICal 于 2020-9-2 23:41 编辑

使用MolAICal将分子切割成片段


更多教程(含英文教程)请见如下:
MolAICal官方主页:https://molaical.github.io
MolAICal 文章介绍:https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161
MolAICal中文博客:https://molaical.github.io/cntutorial.html
MolAICal blogspothttps://qblab.blogspot.com

1.简介
在有些情况下需要将配体分子切割成小片段,进而研究其片段特性。MolAlCal 提供了一种根据可旋转键将配体切割成小片段的方法。在本教程中,介绍了MolAICal中片段切割的操作方法。

2.工具
2.1. 所需软件下载地址
1)MolAICal: https://molaical.github.io
2.2. 操作示例文件
所有用到的操作教程文件均可在下面的网站下载:
https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/013-fragmentSplit

3.操作流程
转至“013-fragmentSplit”文件目录下:
#> cd  013-fragmentSplit
准备输入文件“list.dat”“list.dat”文件中包含了配体文件名:
图1.png

1. 在不进行加氢或去氢操作的情况下将配体分裂成小片段:
[mw_shl_code=bash,true]#> molaical.exe -tool fragSplit -i list.dat -o inital -oa results

#> molaical.exe -tool fragSplit -i list.dat -o inital -oa results -w off
[/mw_shl_code]

2. 将配体分解为小片段并加氢
[mw_shl_code=bash,true]#> molaical.exe -tool fragSplit -i list.dat -o inital -oa results -w add[/mw_shl_code]

3. 将配体分解为小片段并去氢
[mw_shl_code=bash,true]#> molaical.exe -tool fragSplit -i list.dat -o inital -oa results -w del[/mw_shl_code]

注意: 文件“initial”包含了没有进行加氢或去氢操作的分子片段。 文件“results”包含运行过“-w”特定命令的文件,其中参数“-w”表明MolAICal是否进行氢原子的删除和添加操作。
另外如果想要将切割的片段或配体合并到一个文件中,可使用下面的命令:
[mw_shl_code=bash,true]#> molaical.exe -tool merge -m mol2 -i results -o all_frag.mol2[/mw_shl_code]





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