轨迹的周期边界性问题

shadow

请问各位老师，设置的盒子大小会影响轨迹的正常走向吗？因为看相关资料说分子距边界一般不小于0.85nm，所以为了速度就选择了这个，未处理周期性之前，提取了几帧，发现结构解离很严重，处理之后  正常了些，请问大神们  怎么看这个现象

川大-灰太狼

周期性，就是说超过这个盒子的部分会从另外一边又回到这个盒子。这样可以节省盒子中本身原子的个数，大量节省计算资源。