Gromacs中断续跑

五支折断的箭 · 发表于 2020-2-5 20:12:52

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想向各位前辈请教一下，Gromacs在跑MD时，如果不小心中断了，怎么才能让它接着跑起来呢？因为我用的是MobaXteam进行远程操作服务器，MobaXteam如果无操作一段时间，它会中断连接，在设置里面勾选了SSH keepalive还是不行。

tp1039 · 发表于 2020-2-7 09:47:41

假设你之前的tpr运动文件是 md.tpr ，gromacs运行过程中会不间断地生成检查点文件.cpt，这个文件里包含了最后一个检查时间点上系统所有原子的坐标，速度和力等信息。这需要这两个文件就可以续跑
gmx mdrun -s md.tpr -cpi md.cpt -append

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[Gromacs] Gromacs中断续跑