Amber和MM/PBSA计算结合自由能

jerrysky2011

最近安装了Amber10，是新手，不太懂，按照官网的教程运行到了TUTORIAL 3 - SECTION 2：有一个

run.x

#SDSC Teragrid PBS Script#PBS -j oe#PBS -l nodes=48:ppn=2#PBS -l walltime=12:00:00#PBS -q dque#PBS -V#PBS -M name@email.com#PBS -A account_no#PBS -N run_pmemd_96cd /gpfs/projects/prod/mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np 96 /usr/local/apps/amber9/exe/pmemd -O -i prod.in -o prod1.out \-p ras-raf_solvated.prmtop -c equil.rst -r prod1.rst -x prod1.mdcrdmpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np 96 /usr/local/apps/amber9/exe/pmemd -O -i prod.in -o prod2.out \-p ras-raf_solvated.prmtop -c prod1.rst -r prod2.rst -x prod2.mdcrdmpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np 96 /usr/local/apps/amber9/exe/pmemd -O -i prod.in -o prod3.out \-p ras-raf_solvated.prmtop -c prod2.rst -r prod3.rst -x prod3.mdcrdmpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np 96 /usr/local/apps/amber9/exe/pmemd -O -i prod.in -o prod4.out \-p ras-raf_solvated.prmtop -c prod3.rst -r prod4.rst -x prod4.mdcrdgzip -9 prod*.mdcrd

这些是什么东西，我理解的是一个脚本语言，但是这个貌似牵涉到一个PBS，我不懂这个是什么东西，恳请群里的懂得的高手指点一下，在这里先谢谢大家了！~

jerrysky2011

此问题已经解决，谢谢群里的好友们的帮助！

jamesxue

jerrysky2011 发表于 2013-2-24 11:33

                               
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此问题已经解决，谢谢群里的好友们的帮助！

这些PBS是啥？前辈能给讲讲吗？

jerrysky2011

jamesxue 发表于 2013-4-19 02:11

                               
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这些PBS是啥？前辈能给讲讲吗？

这个好像是在一个大型集群的计算机上面运行的，我当时用不着，后来就没有怎么研究了！希望能帮到你

jamesxue

jerrysky2011 发表于 2013-4-19 16:31

                               
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这个好像是在一个大型集群的计算机上面运行的，我当时用不着，后来就没有怎么研究了！希望能帮到你 ...

好的，jerrysky前辈！因为我也在学习MM/PBSA，在坛子里提了点问题，尤其是能量分解部分（问题4-6），前辈能指点一二么~~~~以下是链接：辛苦jerrysky前辈了！！
http://www.bioms.org/thread-538-1-1.html

fenzimoni

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