Ledock对接结果与打开的受体分子间氢键的在PyMol里的显示问题

17110209

首先是利用Ledock对接，然后利用PyMol打开.dok文件，只显示配体，结果如图的配体得分是-4.96Kcal/mol，随后再打开受体药物，请问大神，下一步怎么显示二者的氢键或其他连接键呢？氢键连接范围已经调成1.2-5.6这么大了，还是无法显示。坛子里说的“Find-polar。。。”和“presect-ligand sites-”这两种显示氢键的方式都试了，就是不显示氢键，。。。。。 求大神帮忙，十分感谢！万分感谢！！！！！金币不多，谢谢！

川大-灰太狼

首先，可以试试All 里面用 图2的方法，如果没有氢键，就要自己观察下是否有可能形成氢键的地方，从你的打分函数来看，-4.96的能量值对于这么大的配体分子与多肽结合相对来说能量值偏高，可能没有氢键形成。

fireflying

多肽与糖的对接都没有严格意义上的结合口袋，pymol连口袋都没法识别出来，还怎么自动显示。自己看看有没有氢键生成，然后两个原子之间用距离划线就可以了。这样的体系，最好接着做分子动力学。

17110209

fireflying 发表于 2016-8-24 02:11
多肽与糖的对接都没有严格意义上的结合口袋，pymol连口袋都没法识别出来，还怎么自动显示。自己看看有没有 ...

赵老师，这个受体是多肽的，配体是脂质小分子。用狼哥的方法可以显示出来了，谢谢！

17110209

川大-灰太狼 发表于 2016-8-23 19:36
首先，可以试试All 里面用 图2的方法，如果没有氢键，就要自己观察下是否有可能形成氢键的地方，从你的打分 ...

感谢狼哥！用“ALL”里的presect可以显示氢键了，非常感谢！