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[其他] Ledock对接结果与打开的受体分子间氢键的在PyMol里的显示问题

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发表于 2016-8-23 10:10:46 | 显示全部楼层 |阅读模式

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首先是利用Ledock对接,然后利用PyMol打开.dok文件,只显示配体,结果如图的配体得分是-4.96Kcal/mol,随后再打开受体药物,请问大神,下一步怎么显示二者的氢键或其他连接键呢?氢键连接范围已经调成1.2-5.6这么大了,还是无法显示。坛子里说的“Find-polar。。。”和“presect-ligand sites-”这两种显示氢键的方式都试了,就是不显示氢键,。。。。。 求大神帮忙,十分感谢!万分感谢!!!!!金币不多,谢谢!
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发表于 2016-8-23 19:36:06 | 显示全部楼层
首先,可以试试All 里面用 图2的方法,如果没有氢键,就要自己观察下是否有可能形成氢键的地方,从你的打分函数来看,-4.96的能量值对于这么大的配体分子与多肽结合相对来说能量值偏高,可能没有氢键形成。
发表于 2016-8-24 02:11:48 | 显示全部楼层
多肽与糖的对接都没有严格意义上的结合口袋,pymol连口袋都没法识别出来,还怎么自动显示。自己看看有没有氢键生成,然后两个原子之间用距离划线就可以了。这样的体系,最好接着做分子动力学。
 楼主| 发表于 2016-8-24 08:49:24 | 显示全部楼层
fireflying 发表于 2016-8-24 02:11
多肽与糖的对接都没有严格意义上的结合口袋,pymol连口袋都没法识别出来,还怎么自动显示。自己看看有没有 ...

赵老师,这个受体是多肽的,配体是脂质小分子。用狼哥的方法可以显示出来了,谢谢!
 楼主| 发表于 2016-8-24 08:51:29 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-8-23 19:36
首先,可以试试All 里面用 图2的方法,如果没有氢键,就要自己观察下是否有可能形成氢键的地方,从你的打分 ...

感谢狼哥!用“ALL”里的presect可以显示氢键了,非常感谢!
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