生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 5626|回复: 8

[Gromacs] 求助:怎么建立自己的力场

[复制链接]
发表于 2016-7-23 07:51:14 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
本帖最后由 DemocRonnie 于 2016-7-23 07:53 编辑

刚接触GROMACS的小白求教各位,

我想建立一个 稀有分子被水分子包围的系统,请问该怎么着手设置自己的topology文件呢。

另外我想用自己的SAFT力场,该怎么修改力场文件呢。

十分感谢!!!

最好能加微信:200817784
 楼主| 发表于 2016-7-24 09:00:57 | 显示全部楼层
若要是能介绍一下如何建立自己的gro文件,也是感激不尽!!!
发表于 2016-7-24 21:16:21 | 显示全部楼层

回帖奖励 +3 金币

谢邀。添加立场文件不难,安装路径下的gromacs/share/top文件夹下,你仿着别的力场补充即可(谷歌一下是能找到)
发表于 2016-7-24 21:16:54 | 显示全部楼层
刚才想换行,结果直接发出去了。
发表于 2016-7-24 21:18:50 | 显示全部楼层
继续说。比如说你可以仿着  grom96的任一力场的文件夹,新建一个文件夹于此处,改名字。同时对比其他力场,缺什么补什么文件。(如果有些文件是相同的可以复制)
发表于 2016-7-24 21:20:08 | 显示全部楼层
稀有分子被水分子包围的系统。不明白,什么分子,想干什么?有机小分子么,想看其在溶液中的变化?
 楼主| 发表于 2016-7-25 08:17:06 | 显示全部楼层
wangpengfei 发表于 2016-7-24 21:20
稀有分子被水分子包围的系统。不明白,什么分子,想干什么?有机小分子么,想看其在溶液中的变化? ...

无机小分子,想计算一下radial distribution function
发表于 2016-7-25 11:15:01 | 显示全部楼层
DemocRonnie 发表于 2016-7-25 08:17
无机小分子,想计算一下radial distribution function

构建力场我做过,你谷歌一下再结合我说的,去路径share/gromacs/top里去替换和添加文件即可。
发表于 2016-7-25 11:17:22 | 显示全部楼层
wangpengfei 发表于 2016-7-25 11:15
构建力场我做过,你谷歌一下再结合我说的,去路径share/gromacs/top里去替换和添加文件即可。 ...

你说的这个无机小分子的计算方法我没接触过,我主要是搞有机药化的。不过推荐一个q群,132266540,李继存老师的群。你所看的中文教程就是他们主持编译的,你去群里问问吧。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3 )

GMT+8, 2024-12-25 15:15 , Processed in 0.052334 second(s), 19 queries .

Powered by Discuz! X3.4

Copyright © 2001-2020, Tencent Cloud.

快速回复 返回顶部 返回列表