请问怎样用pymol做出这样的图

erbazhiren

用pymol怎样做出这样的图，求教程

zhangmao511

这张图，应该是用紫色显示了表面积吧

zhangmao511

来张高清点的图

erbazhiren

zhangmao511 发表于 2016-7-8 16:16
来张高清点的图

没有高清大图啊，你就将就着看吧，好像是显示了氢键还有旁边一些什么键吧，还有一些什么残基。。我不太懂啊，你知道怎么做出来的吗？有教程吗？

bijian522

外面的分子你先hide all 然后选择后显示bonds 里面那个显示表面积的 我不是特别清楚， 有个方法可以看差不多的，不过貌似太复杂了。 你可以先试试。
Download 1TNS.pdb
Generate a “PQR” file for 1TNS
http://nbcr-222.ucsd.edu/pdb2pqr_2.0.0/
Enter 1tns
Use amber force field and amber naming scheme
Submit and download the result file
1tns.pqr
Check stdout & stderr
Load 1tns.pdb
Plugins->APBStools2
Tick “Use another PQR” and load 1tns.pqr
Set Grid
Run APBS (this can take a while)
Molecular Surface->Show
Field Lines->Show
This will generate new objects (grad_0_1 and e_lvl_0_1)
Find out what they are

这个1tns是举的例子，你可以换成你想要显示的蛋白

麦客

这个可以用ligplus和raswin软件联合显示

gaoshasha

麦客 发表于 2017-4-18 10:47
这个可以用ligplus和raswin软件联合显示

ligplus是不是只能显示配体和蛋白之间的相互作用，不能显示蛋白与蛋白之间的相互作用。请教大神，

gaoshasha

gaoshasha 发表于 2018-5-9 19:12
ligplus是不是只能显示配体和蛋白之间的相互作用，不能显示蛋白与蛋白之间的相互作用。请教大神，
...

可以显示蛋白与蛋白的作用