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[Pymol] 请问怎样用pymol做出这样的图

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发表于 2016-7-8 11:46:36 | 显示全部楼层 |阅读模式

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用pymol怎样做出这样的图,求教程
R`L$X(W]]98D34E(5OWARS2.png
发表于 2016-7-8 16:15:27 | 显示全部楼层

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这张图,应该是用紫色显示了表面积吧
发表于 2016-7-8 16:16:24 | 显示全部楼层
来张高清点的图
 楼主| 发表于 2016-7-8 16:51:30 | 显示全部楼层

没有高清大图啊,你就将就着看吧,好像是显示了氢键还有旁边一些什么键吧,还有一些什么残基。。我不太懂啊,你知道怎么做出来的吗?有教程吗?
发表于 2017-3-25 01:38:16 | 显示全部楼层

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外面的分子你先hide all 然后选择后显示bonds 里面那个显示表面积的 我不是特别清楚, 有个方法可以看差不多的,不过貌似太复杂了。 你可以先试试。
Download 1TNS.pdb
Generate a “PQR” file for 1TNS
http://nbcr-222.ucsd.edu/pdb2pqr_2.0.0/
Enter 1tns
Use amber force field and amber naming scheme
Submit and download the result file
1tns.pqr
Check stdout & stderr
Load 1tns.pdb
Plugins->APBStools2
Tick “Use another PQR” and load 1tns.pqr
Set Grid
Run APBS (this can take a while)
Molecular Surface->Show
Field Lines->Show
This will generate new objects (grad_0_1 and e_lvl_0_1)
Find out what they are

这个1tns是举的例子,你可以换成你想要显示的蛋白
发表于 2017-4-18 10:47:19 | 显示全部楼层

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这个可以用ligplus和raswin软件联合显示
发表于 2018-5-9 19:12:16 | 显示全部楼层

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麦客 发表于 2017-4-18 10:47
这个可以用ligplus和raswin软件联合显示

ligplus是不是只能显示配体和蛋白之间的相互作用,不能显示蛋白与蛋白之间的相互作用。请教大神,
发表于 2018-5-12 08:25:20 | 显示全部楼层
gaoshasha 发表于 2018-5-9 19:12
ligplus是不是只能显示配体和蛋白之间的相互作用,不能显示蛋白与蛋白之间的相互作用。请教大神,
...

可以显示蛋白与蛋白的作用
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