分子对接与结构优化问题

erbazhiren · 发表于 2016-7-1 09:27:17

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本帖最后由 erbazhiren 于 2016-7-1 09:32 编辑

我想问一下各位大神，如果我的晶体是在有机溶剂（比如甲醇）中得到的，做分子对接时效果还行，但是拿去做生物实验时，晶体会放在培养基里，做出来显示没有活性，这是什么原因呢？会不会是放在两种溶剂中结构会改变？还有一个问题是，进行结构优化的时候能不能选择溶剂环境呢？

wangpengfei · 发表于 2016-7-7 10:19:16

首先要告诉你，分子对接很可能是不可靠的（换言之，想得到可靠的结果需要下大力气，傻瓜化一键操作是不中的）

wangpengfei · 发表于 2016-7-7 10:22:43

比如说你的对接验证过么？做过一致性打分么？跑过分子动力学么？
普通对接考虑的只是真空环境，柔性对接、以及溶剂下分子动力学验证是很好的补充。
其次，你的化合物溶解性如何？你做的实验是直接测靶点活性么？东西变不变质，析不析出？
有无数个因素要从头开始依次考虑

erbazhiren · 发表于 2016-7-8 10:28:11

wangpengfei 发表于 2016-7-7 10:22
比如说你的对接验证过么？做过一致性打分么？跑过分子动力学么？
普通对接考虑的只是真空环境，柔性对接、 ...

恩恩，好的，谢谢

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