生物分子模拟论坛

 找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 398|回复: 3

[提问] 分子对接与结构优化问题

[复制链接]
回帖奖励 25 金币 回复本帖可获得 5 金币奖励! 每人限 1 次
发表于 2016-7-1 09:27:17 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
本帖最后由 erbazhiren 于 2016-7-1 09:32 编辑

我想问一下各位大神,如果我的晶体是在有机溶剂(比如甲醇)中得到的,做分子对接时效果还行,但是拿去做生物实验时,晶体会放在培养基里,做出来显示没有活性,这是什么原因呢?会不会是放在两种溶剂中结构会改变?还有一个问题是,进行结构优化的时候能不能选择溶剂环境呢?
发表于 2016-7-7 10:19:16 | 显示全部楼层

回帖奖励 +5 金币

首先要告诉你,分子对接很可能是不可靠的(换言之,想得到可靠的结果需要下大力气,傻瓜化一键操作是不中的)
发表于 2016-7-7 10:22:43 | 显示全部楼层
比如说你的对接验证过么?做过一致性打分么?跑过分子动力学么?
普通对接考虑的只是真空环境,柔性对接、以及溶剂下分子动力学验证是很好的补充。
其次,你的化合物溶解性如何?你做的实验是直接测靶点活性么?东西变不变质,析不析出?
有无数个因素要从头开始依次考虑
 楼主| 发表于 2016-7-8 10:28:11 | 显示全部楼层
wangpengfei 发表于 2016-7-7 10:22
比如说你的对接验证过么?做过一致性打分么?跑过分子动力学么?
普通对接考虑的只是真空环境,柔性对接、 ...

恩恩,好的,谢谢
您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3

GMT+8, 2018-1-16 17:50 , Processed in 0.237292 second(s), 27 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表