有没有动力学软件可以模拟小分子离开蛋白过程中蛋白结构的变化？

香格里拉1915

有一个蛋白，结合小分子之前，蛋白口袋无序；结合小分子后，结合口袋比较完整，但是袋口比较小，小分子出不来；在溶液中，小分子容易出来，有没有一种动力学模拟方法，显示小分子从口袋中出来的时候蛋白结合口袋会发生什么样的变化？

川大-灰太狼

小分子离开蛋白的过程中蛋白的结构变化，分子动力学其实已经表现得非常好了。只是其中有个问题：模拟的时间是否够长，小分子能从蛋白结合位点中出来。如果体系太大，可以考虑拉伸动力学，用一个力把小分子拉出来，蛋白的变化就在动力学产生的结果文件里面，自己用作图软件就可以进行结构变化分析了。