如何将Vina对接结果中的配体和受体一同导出为pdb格式文件

zxc1984 · 发表于 2016-4-18 17:08:59

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本帖最后由 zxc1984 于 2016-4-18 17:56 编辑

请问用vina做完对接后，如何将对接结果中的配体和受体一同导出为pdb格式的文件呢？比如对接结果有9种模式，如何选择其中一种想要的，然后和配体大分子一起导出为PDB文件。曾试过file-save-write pdb，但提示由于超过一个分子，无法创建pdb
谢谢！

川大-灰太狼 · 发表于 2016-4-19 16:12:38

可以试试导入pymol中，然后再保存为一个pdb。其实不保存为一个pdb，在作图分析中间有时候更好。

zxc1984 · 发表于 2016-4-21 18:43:39

川大-灰太狼发表于 2016-4-19 16:12
可以试试导入pymol中，然后再保存为一个pdb。其实不保存为一个pdb，在作图分析中间有时候更好。 ...

哦，好的，谢谢，试试看。主要是想用ligplus做分析，要求整合成一个PDB文件

341176 · 发表于 2016-10-10 00:26:17

zxc1984 发表于 2016-4-21 18:43
哦，好的，谢谢，试试看。主要是想用ligplus做分析，要求整合成一个PDB文件 ...

楼主，请问您那个的问题解决了吗？我也遇到同样的问题了。我想用DS和ligplus分析我autodock vina计算后的的结果。但是每次用DS和ligplus打开后想看2D图，每次只显示ligand不显示protein。麻烦您了

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