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[AutoDock&Vina] 如何将Vina对接结果中的配体和受体一同导出为pdb格式文件

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发表于 2016-4-18 17:08:59 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 zxc1984 于 2016-4-18 17:56 编辑

请问用vina做完对接后,如何将对接结果中的配体和受体一同导出为pdb格式的文件呢?比如对接结果有9种模式,如何选择其中一种想要的,然后和配体大分子一起导出为PDB文件。曾试过file-save-write pdb,但提示由于超过一个分子,无法创建pdb
谢谢!

发表于 2016-4-19 16:12:38 | 显示全部楼层
可以试试导入pymol中,然后再保存为一个pdb。其实不保存为一个pdb,在作图分析中间有时候更好。
 楼主| 发表于 2016-4-21 18:43:39 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2016-4-19 16:12
可以试试导入pymol中,然后再保存为一个pdb。其实不保存为一个pdb,在作图分析中间有时候更好。 ...

哦,好的,谢谢,试试看。主要是想用ligplus做分析,要求整合成一个PDB文件
发表于 2016-10-10 00:26:17 | 显示全部楼层
zxc1984 发表于 2016-4-21 18:43
哦,好的,谢谢,试试看。主要是想用ligplus做分析,要求整合成一个PDB文件 ...

楼主,请问您那个的问题解决了吗?我也遇到同样的问题了。我想用DS和ligplus分析我autodock vina计算后的的结果。但是每次用DS和ligplus打开后想看2D图,每次只显示ligand不显示protein。麻烦您了
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