分子动力学模拟软件求助

me_creazy · 发表于 2016-3-17 14:55:12

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本人现在准备做部分分子动力学模拟相关的实验，查文献看到discovery studio可以完成这方面的操作。我想询问下discovery studio软件在分子动力学模拟结果的可靠性有多高？分子动力学模拟来讲，是否还有其他软件可以实现？他们的有缺点如何？期待大神的指导

me_creazy · 发表于 2016-3-17 14:56:09

期待大神的到来

lrf1980 · 发表于 2016-3-17 16:33:56

你发错版面了，求助要发到其它的地方去。分子动力学模拟，现在主要有几大工具，CHARMM，Amber，GROMACS， NAMD， YASARA， MOE，DS，SYBYL等等。优缺点嘛，很难讲得清楚

me_creazy · 发表于 2016-3-18 09:06:57

lrf1980 发表于 2016-3-17 16:33
你发错版面了，求助要发到其它的地方去。分子动力学模拟，现在主要有几大工具，CHARMM，Amber，GROMACS， N ...

谢谢你的回复，版主！我不是为求相关的软件，我只是想知道在楼主您给提供的这些软件中，那些软件的分子动力学模拟结果比较可靠？还有，作为这方面的新手，我非常希望有经验的大神（或者专家）能够发一个帖子具体介绍下这些软件的优缺点，以方便新手学习或者使用？大力支持分子模拟论坛

lrf1980 · 发表于 2016-3-18 15:07:17

工具都大同小异，只是使用性的差异。关键还是人。懂得分子动力学模拟的基本原理，局限，应用范围。然后在使用习惯上找一个适合自己的就好。
CHARMM的历史最长。理论上他们应该最熟悉动力学模拟，Martin还因此得了诺奖。但是这个软件的使用性相比其它就差很多。而对于新手，使用这个软件可能就会出各种问题，不是因为这个软件不好，只是还没有完全懂这个软件的设计逻辑。
建议找个身边有人熟悉动力学模拟的人，跟他学他使用的软件就好

me_creazy · 发表于 2016-3-18 15:18:14

lrf1980 发表于 2016-3-18 15:07
工具都大同小异，只是使用性的差异。关键还是人。懂得分子动力学模拟的基本原理，局限，应用范围。然后在使 ...

非常感谢楼主的回复！
现在我这里就是没人做着方面的工作，所以我才来这里求助。我看现在有文章上提到gromacs、discovery studio、yasara还有amber等，在加上楼主提到的charmm和martin都可以实现分子动力学模拟。我想咨询下楼主，这几个软件中，那些操作起来比较简单，并且费用也比较低？方便我来选择学习，不胜感激哈

lrf1980 · 发表于 2016-3-21 12:31:29

me_creazy 发表于 2016-3-18 15:18
非常感谢楼主的回复！
现在我这里就是没人做着方面的工作，所以我才来这里求助。我看现在有文章上提到gro ...

Martin kaplus 是CHARMM的作者，不是软件。
从商业软件的角度讲，YASARA最易上手，而且便宜。
从学术软件，我个人觉得Amber是个不错的选择。

me_creazy · 发表于 2016-3-25 11:38:25

lrf1980 发表于 2016-3-21 12:31
Martin kaplus 是CHARMM的作者，不是软件。
从商业软件的角度讲，YASARA最易上手，而且便宜。
从学术软件 ...

非常感谢楼主的回复，我想问下GROMACS怎么样？它有什么缺点吗？

lrf1980 · 发表于 2016-3-26 14:03:45

me_creazy 发表于 2016-3-25 11:38
非常感谢楼主的回复，我想问下GROMACS怎么样？它有什么缺点吗？

没用过，没法评价。

me_creazy · 发表于 2016-3-28 20:58:16

lrf1980 发表于 2016-3-26 14:03
没用过，没法评价。

o,还是谢谢楼主

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