zinc库中下载的sdf格式文件如何使用

me_creazy · 发表于 2016-1-6 18:47:07

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本人是分子对接的新手，今日在尝试进行分子对接。当从zinc库中下载小分子后，发现其是SDF格式的文件。请问这种格式的文件如何处理才能用于分子对接？比如领用sybyl等

me_creazy · 发表于 2016-1-6 18:47:46

期待大神的到来

WLQ · 发表于 2016-1-8 12:02:28

您说的处理指的是优化吗？

me_creazy · 发表于 2016-1-11 16:55:01

WLQ 发表于 2016-1-8 12:02
您说的处理指的是优化吗？

lz好！我说的不是优化。我想知道的是，我们做分子对接的时候用到的小分子文件格式都是MOL2格式的，但是现在获得的是SDF格式的，这两种格式如何转化？

WLQ · 发表于 2016-1-18 11:07:22

me_creazy 发表于 2016-1-11 16:55
lz好！我说的不是优化。我想知道的是，我们做分子对接的时候用到的小分子文件格式都是MOL2格式的，但是现 ...

很多软件都支持sdf，也可以转格式，像我常用的YASARA可以轻松转换。
你用的哪个软件只能用mol2呢？

lrf1980 · 发表于 2016-1-29 13:31:17

me_creazy 发表于 2016-1-11 16:55
lz好！我说的不是优化。我想知道的是，我们做分子对接的时候用到的小分子文件格式都是MOL2格式的，但是现 ...

babel -isdf *.sdf -omol2 *.mol2 --gen3d

done.

麦客 · 发表于 2016-3-3 15:18:26

以std-all为例，用记事本或emedit打开（win-mol2，右键另存为usual.mol2.bat），文件如： # usual.mol2.bat from http://zinc.docking.org set base=http://zinc.docking.org/db/bysubset/6 wget %base%/6_p0.0.mol2.gz wget %base%/6_p0.1.mol2.gz wget %base%/6_p0.10.mol2.gz wget %base%/6_p0.100.mol2.gz wget %base%/6_p0.101.mol2.gz ... 把wget %base%替换为http://zinc.docking.org/db/bysubset/6后，复制，扔迅雷里就行了

me_creazy · 发表于 2016-3-17 11:40:25

WLQ 发表于 2016-1-18 11:07
很多软件都支持sdf，也可以转格式，像我常用的YASARA可以轻松转换。
你用的哪个软件只能用mol2呢？ ...

非常感谢你的回复，问题已经解决。谢谢

me_creazy · 发表于 2016-3-17 11:40:43

lrf1980 发表于 2016-1-29 13:31
babel -isdf *.sdf -omol2 *.mol2 --gen3d

done.

非常感谢你的回复，问题已经解决。谢谢

me_creazy · 发表于 2016-3-17 11:41:10

麦客发表于 2016-3-3 15:18
以std-all为例，用记事本或emedit打开（win-mol2，右键另存为usual.mol2.bat），文件如： # usual.mol2.bat ...

非常感谢你的回复，问题已经解决。谢谢

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