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zinc库 中下载的sdf格式文件如何使用

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发表于 2016-1-6 18:47:07 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本人是分子对接的新手,今日在尝试进行分子对接。当从zinc库中下载小分子后,发现其是SDF格式的文件。请问这种格式的文件如何处理才能用于分子对接?比如领用sybyl等
 楼主| 发表于 2016-1-6 18:47:46 | 显示全部楼层
期待大神的到来
发表于 2016-1-8 12:02:28 | 显示全部楼层
您说的处理指的是优化吗?
 楼主| 发表于 2016-1-11 16:55:01 | 显示全部楼层
WLQ 发表于 2016-1-8 12:02
您说的处理指的是优化吗?

lz好!我说的不是优化。我想知道的是,我们做分子对接的时候用到的小分子文件格式都是MOL2格式的,但是现在获得的是SDF格式的,这两种格式如何转化?
发表于 2016-1-18 11:07:22 | 显示全部楼层
me_creazy 发表于 2016-1-11 16:55
lz好!我说的不是优化。我想知道的是,我们做分子对接的时候用到的小分子文件格式都是MOL2格式的,但是现 ...

很多软件都支持sdf,也可以转格式,像我常用的YASARA可以轻松转换。
你用的哪个软件只能用mol2呢?
发表于 2016-1-29 13:31:17 | 显示全部楼层
me_creazy 发表于 2016-1-11 16:55
lz好!我说的不是优化。我想知道的是,我们做分子对接的时候用到的小分子文件格式都是MOL2格式的,但是现 ...

babel -isdf *.sdf -omol2 *.mol2 --gen3d

done.
发表于 2016-3-3 15:18:26 | 显示全部楼层
以std-all为例,用记事本或emedit打开(win-mol2,右键另存为usual.mol2.bat),文件如: # usual.mol2.bat from http://zinc.docking.org set base=http://zinc.docking.org/db/bysubset/6 wget %base%/6_p0.0.mol2.gz wget %base%/6_p0.1.mol2.gz wget %base%/6_p0.10.mol2.gz wget %base%/6_p0.100.mol2.gz wget %base%/6_p0.101.mol2.gz ... 把wget %base%替换为http://zinc.docking.org/db/bysubset/6后,复制,扔迅雷里就行了
 楼主| 发表于 2016-3-17 11:40:25 | 显示全部楼层
WLQ 发表于 2016-1-18 11:07
很多软件都支持sdf,也可以转格式,像我常用的YASARA可以轻松转换。
你用的哪个软件只能用mol2呢? ...

非常感谢你的回复,问题已经解决。谢谢
 楼主| 发表于 2016-3-17 11:40:43 | 显示全部楼层
lrf1980 发表于 2016-1-29 13:31
babel -isdf *.sdf -omol2 *.mol2 --gen3d

done.

非常感谢你的回复,问题已经解决。谢谢
 楼主| 发表于 2016-3-17 11:41:10 | 显示全部楼层
麦客 发表于 2016-3-3 15:18
以std-all为例,用记事本或emedit打开(win-mol2,右键另存为usual.mol2.bat),文件如: # usual.mol2.bat ...

非常感谢你的回复,问题已经解决。谢谢
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