对接结果计算结合能出错？

Alex2000 · 发表于 2012-11-24 18:28:38

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我在对柔性对接结果用DS 的对接模块中的”caculate binding energy“功能进行结合能计算时，如果在protocol中选择进行”in situ ligand minimization"就会出错，错误信息见图。如果不选择进行”in situ ligand minimization"就不会出错。但说明书说如果不最小化，会出现不正常的结果。所以最小化还是要进行的，但现在运行两分钟就出错，不知哪里设置不对，请大家帮忙！非常感谢！
另外问一下，最后的“binding energy”既有正值又有负值，是正值越大表示结合力越强还是负值越小表示结合力越强？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2012-11-25 09:23:00

DS木有用过，具体操作上帮不上太多的忙，binding energy是负的越多，结合能力越强

Alex2000 · 发表于 2012-11-27 11:05:27

没有人回

三郎 · 发表于 2012-11-27 16:31:28

具体看不太清，不过告诉你两个排错方法，一是把溶剂化模型关掉算算试试，二是把并行关掉算算试试，就是只用一个核算。DS很多不明问题出在这几个因素上

Alex2000 · 发表于 2012-12-3 10:46:13

三郎发表于 2012-11-27 16:31

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具体看不太清，不过告诉你两个排错方法，一是把溶剂化模型关掉算算试试，二是把并行关掉算算试试，就是只用 ...

谢谢兄弟！并行已经关掉了，但还是出错，就是第一排的那个出错信息
至于溶剂化模型，你是否指的是mm-pbsa？如果关掉pbsa，计算结合能的意义要降低不少吧？pbsa是比较精确的方法啊

紫苏兰 · 发表于 2013-11-20 13:40:46

{:soso_e121:}楼主，你的问题解决聊吗，我也遇到同样的问题啦？

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