已有结构，想知道底物结合位点要做对接吗？

yilin58299 · 发表于 2015-9-22 02:08:15

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小白求助，已经获得蛋白质结晶，三维结构也有，想知道底物结合位点的话，还要不要做底物对接？同一个家族结构相似性比较高（40%）的酶结晶有两个，并且报道了底物结合位点，这种情况还要做底物对接吗？

天理-小新 · 发表于 2015-9-22 09:47:48

分子对接，或者做底物和你的蛋白对接，是首先需要确定活性位点的，当然不知道活性位点，也可以做，那就另当别论了。如果有文献报道，同一个家族，且结构相似性比较高。依据文献就可以确定活性位点了。至于如何确定活性位点，你可以参考分子对接中确定活性位点的方法 http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=58 (出处: 生物分子模拟论坛)

yilin58299 · 发表于 2015-9-22 14:05:13

谢谢，很详细，明天早晨仔细看看

上官爵 · 发表于 2015-11-18 16:38:20

多谢分享，很实用。

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