谢谢您的提示,我之前这样试过一次,出现了一些问题,具体来说是这样的:我有一个蛋白A和受体B的2:2的复合物结构,分别模建出了同源的A'和B'的结构,之后我用pymol吧A'和B'align到原先的结构上去得到了新的复合物,但是这个复合物结构是psw的,我用select all然后将选定部分另存以后所得到的pdb可以看到符合物的结构,但是sequence只含其中A',show by cartoon显示的图形是非常奇怪的断断续续的线,而且无法区分四条链(详见附件),是我保存的方式不对吗?psw中显示结构是这样的: