新手求助，蛋白质结构预测问题

花火 · 发表于 2015-8-19 09:57:14

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一个结构和序列都是已知的蛋白，将其中两段的序列删除（大概删了50%对生理功能影响不大的序列），如何预测剩下部分的结构？需要做同源模建吗？如果不需要的话，如何得到结构呢？我用swiss做同源模建，结果只给了我其中一段的结构，得不到全部结构，这是我的操作问题还是说同源模建本来就没法得到整个结构呢？

PS: 已知结构的蛋白是3V47，删除后的是CBLB502,

lrf1980 · 发表于 2015-8-20 09:11:38

1.首先建议去uniprot.org上去查找一下你研究的蛋白质，看看是否能找到相关信息。比方说，功能区
2.如果你能在uniprot上找到蛋白信息，并且确认给出的功能区跟你研究的是一致。可以直接提取功能区的氨基酸来做序列比对。当然最好是做一点文献调查，看看这个功能区的一些特性，有没有人做过同源建模。
3. 当确实没有人做过，而且同源建模对自己的工作真的很重要的时候。可以来尝试。
4.当然也需要遵守一些基本的规则。序列相似度的问题。
5. 你贴出来的swiss-model里的3V47只是其中一个序列比对结果，只能回答，3v47跟你的蛋白质相似性很高的是在序列的前后两部分，但是有可能其他的的模板会有在中间相似度比较高的地方。所以不能用这个结果下结论。同源建模里还有多模板建模等等手段。
6.yasara同源建模可能比较适合你。

花火 · 发表于 2015-8-20 17:21:21

lrf1980 发表于 2015-8-20 09:11
1.首先建议去uniprot.org上去查找一下你研究的蛋白质，看看是否能找到相关信息。比方说，功能区
2.如果你能 ...

非常感谢你的回复！我改用modeller选择多个模板后模建出了结构

lrf1980 · 发表于 2015-8-20 20:06:35

花火发表于 2015-8-20 17:21
非常感谢你的回复！我改用modeller选择多个模板后模建出了结构

放到SAVES网站上去评估一下模型的质量。能够给你一些基本的想法。进一步的修正模型的话，可以看看我在版里发的一系列建模文章。

花火 · 发表于 2015-8-20 20:43:41

lrf1980 发表于 2015-8-20 20:06
放到SAVES网站上去评估一下模型的质量。能够给你一些基本的想法。进一步的修正模型的话，可以看看我在版 ...

多谢前辈指导！我想问一下，SAVES可以评估蛋白复合物吗？我上传了一个含4个pdb的.psw文件，好像没法评估……或者有什么办法可以将.psw文件另存为.pdb呢？

lrf1980 · 发表于 2015-8-23 15:22:30

花火发表于 2015-8-20 20:43
多谢前辈指导！我想问一下，SAVES可以评估蛋白复合物吗？我上传了一个含4个pdb的.psw文件，好像没法评 ...

试试用pymol打开psw，然后另存为pdb，复合物的话，拆分成4个评估就好吧。

花火 · 发表于 2015-8-25 14:29:04

lrf1980 发表于 2015-8-23 15:22
试试用pymol打开psw，然后另存为pdb，复合物的话，拆分成4个评估就好吧。

谢谢您的提示，我之前这样试过一次，出现了一些问题，具体来说是这样的：我有一个蛋白A和受体B的2:2的复合物结构，分别模建出了同源的A'和B'的结构，之后我用pymol吧A'和B'align到原先的结构上去得到了新的复合物，但是这个复合物结构是psw的，我用select all然后将选定部分另存以后所得到的pdb可以看到符合物的结构，但是sequence只含其中A'，show by cartoon显示的图形是非常奇怪的断断续续的线，而且无法区分四条链（详见附件），是我保存的方式不对吗？psw中显示结构是这样的：

lrf1980 · 发表于 2015-8-25 21:09:17

本帖最后由 lrf1980 于 2015-8-26 14:14 编辑

花火发表于 2015-8-25 14:29
谢谢您的提示，我之前这样试过一次，出现了一些问题，具体来说是这样的：我有一个蛋白A和受体B的2:2的复 ...

我测试了一下，在pymol中跟你说的情况一样。但是在discoverystudio visualizer里面显示的就跟你贴出来的图片一样，断断续续我遇到比较多的情况是pdbqt这种格式的文件。
我在discoverystudio visualizer 里把这四个链拆开存成pdb。然后在用pymol打开，就没有断断续续的问题了。
补全discoverystudio visualizer 拆分结果

花火 · 发表于 2015-8-27 08:55:33

本帖最后由花火于 2015-8-27 08:59 编辑

lrf1980 发表于 2015-8-25 21:09
我测试了一下，在pymol中跟你说的情况一样。但是在discoverystudio visualizer里面显示的就跟你贴出来的图 ...

thanks a lot. 然后非常抱歉！本来我4条链的结构是都有的，只是没有上传，让您多花了不少时间>_<……就是说在pymol里看复合物的pdb还是会断吗？数据库中那些pdb格式的多条链的复合物结构又是如何正确保存下来的呢？

lrf1980 · 发表于 2015-8-27 12:24:15

对，你的这个复合物在pymol显示就是断的，正常的pdb不应该这个样子。所以数据库下载下来的pymol会正常显示，他们的pdb是测定出来的，然后严格按照pdb格式生成出来的。

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