有没有什么软件可以显示蛋白的口袋空腔？

香格里拉1915 · 发表于 2015-6-17 14:00:21

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如题，只知道Pymol的surface显示的是残基的表面，现在想看一下蛋白的配体口袋所形成的内空腔的三维图，能够知道蛋白内部小分子配体口袋的形状，请问有没有什么软件或网页版能做到？

lrf1980 · 发表于 2015-6-30 20:20:04

pymol就能实现，你先显示surface，然后再setting 菜单里选surface，里面有一项是cavities and pocket only，应该就是你需要的。

yuankeyang123 · 发表于 2016-1-24 11:51:42

pymol中的话，可以用点击all-----present-----ligand sites-------transparent surface
DS中的话可以用点击sciript-----ligands interaction----creat surface around ligand, 再在画面上空穴残基表面右击attritute of OE----transparency----值选为yes

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