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[提问] 有没有什么软件可以显示蛋白的口袋空腔?

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发表于 2015-6-17 14:00:21 | 显示全部楼层 |阅读模式

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如题,只知道Pymol的surface显示的是残基的表面,现在想看一下蛋白的配体口袋所形成的内空腔的三维图,能够知道蛋白内部小分子配体口袋的形状,请问有没有什么软件或网页版能做到?



发表于 2015-6-30 20:20:04 | 显示全部楼层
pymol就能实现,你先显示surface,然后再setting 菜单里选surface,里面有一项是cavities and pocket only,应该就是你需要的。
发表于 2016-1-24 11:51:42 | 显示全部楼层
pymol中的话,可以用点击all-----present-----ligand sites-------transparent surface
DS中的话可以用点击sciript-----ligands interaction----creat surface around ligand, 再在画面上空穴残基表面右击attritute of OE----transparency----值选为yes
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