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hucuiyun000 发表于 2015-5-11 11:10 小分子的力场已经拿到了,并且已经做了minimization。 您的意思是说我如果想要拿到一个复合物Model 的系 ...
hucuiyun000 发表于 2015-5-11 09:40 已有蛋白质的结构,之后对蛋白进行了小分子修饰,由于结构变化不大,就觉得没有必要解析结构了,就想简单地 ...
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川大-灰太狼 发表于 2015-5-11 10:33 如果只是想做个图,使用Yasara、Pymol、Chimera、VMD都可以作图。
hucuiyun000 发表于 2015-5-11 10:37 还是希望能通过Amber进行简单计算后得到一个系综,看小分子的构象如何改变,以及蛋白主体构象会如何改变. ...
川大-灰太狼 发表于 2015-5-11 10:44 修饰后的蛋白可能需要对应的用amber做一个相应的力场,这样才能让amber识别。当然也可以选择yasara,可以 ...
川大-灰太狼 发表于 2015-5-11 11:48 是的,如果你想要考察这个小分子与蛋白的结合是否是稳定的,则需要跑分子动力学(MD),如果只是看看结合 ...
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