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新手求教,想做一个小分子修饰后的蛋白质结构模型

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发表于 2015-5-9 20:23:31 | 显示全部楼层 |阅读模式

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RT,已有蛋白质结构,想看看小分子共价修饰后构象会是什么样子的?
发表于 2015-5-11 11:48:06 | 显示全部楼层
hucuiyun000 发表于 2015-5-11 11:10
小分子的力场已经拿到了,并且已经做了minimization。 您的意思是说我如果想要拿到一个复合物Model 的系 ...

是的,如果你想要考察这个小分子与蛋白的结合是否是稳定的,则需要跑分子动力学(MD),如果只是看看结合能力,就做做对接就好。
发表于 2015-5-11 10:33:22 | 显示全部楼层
hucuiyun000 发表于 2015-5-11 09:40
已有蛋白质的结构,之后对蛋白进行了小分子修饰,由于结构变化不大,就觉得没有必要解析结构了,就想简单地 ...

如果只是想做个图,使用Yasara、Pymol、Chimera、VMD都可以作图。

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发表于 2015-5-10 10:28:42 | 显示全部楼层
“小分子共价修饰” 是啥意思呢?标题和内容都没有写清楚你想达到的目的。
 楼主| 发表于 2015-5-11 09:40:16 | 显示全部楼层
已有蛋白质的结构,之后对蛋白进行了小分子修饰,由于结构变化不大,就觉得没有必要解析结构了,就想简单地做个模型。
 楼主| 发表于 2015-5-11 10:37:18 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-5-11 10:33
如果只是想做个图,使用Yasara、Pymol、Chimera、VMD都可以作图。

还是希望能通过Amber进行简单计算后得到一个系综,看小分子的构象如何改变,以及蛋白主体构象会如何改变.
发表于 2015-5-11 10:44:54 | 显示全部楼层
hucuiyun000 发表于 2015-5-11 10:37
还是希望能通过Amber进行简单计算后得到一个系综,看小分子的构象如何改变,以及蛋白主体构象会如何改变. ...

修饰后的蛋白可能需要对应的用amber做一个相应的力场,这样才能让amber识别。当然也可以选择yasara,可以不用自己修改力场文件,就可以跑分子动力学了。
其实你的意思我到现在还是在猜测,如果你说的小分子和蛋白是独立的,修改小分子后做对接,然后跑md就行。如果你说的小分子是共价键链接在蛋白上的,就像我上面说的那样,你需要修改amber的力场文件,再跑md。
 楼主| 发表于 2015-5-11 11:10:42 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-5-11 10:44
修饰后的蛋白可能需要对应的用amber做一个相应的力场,这样才能让amber识别。当然也可以选择yasara,可以 ...

小分子的力场已经拿到了,并且已经做了minimization。 您的意思是说我如果想要拿到一个复合物Model 的系综还是需要做MD么?
 楼主| 发表于 2015-5-11 17:24:57 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-5-11 11:48
是的,如果你想要考察这个小分子与蛋白的结合是否是稳定的,则需要跑分子动力学(MD),如果只是看看结合 ...

谢谢灰太狼
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