新手求教，想做一个小分子修饰后的蛋白质结构模型

hucuiyun000 · 发表于 2015-5-9 20:23:31

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RT,已有蛋白质结构，想看看小分子共价修饰后构象会是什么样子的？

川大-灰太狼 · 发表于 2015-5-11 11:48:06

hucuiyun000 发表于 2015-5-11 11:10
小分子的力场已经拿到了，并且已经做了minimization。您的意思是说我如果想要拿到一个复合物Model 的系 ...

是的，如果你想要考察这个小分子与蛋白的结合是否是稳定的，则需要跑分子动力学（MD），如果只是看看结合能力，就做做对接就好。

川大-灰太狼 · 发表于 2015-5-11 10:33:22

hucuiyun000 发表于 2015-5-11 09:40
已有蛋白质的结构，之后对蛋白进行了小分子修饰，由于结构变化不大，就觉得没有必要解析结构了，就想简单地 ...

如果只是想做个图，使用Yasara、Pymol、Chimera、VMD都可以作图。

川大-灰太狼 · 发表于 2015-5-10 10:28:42

“小分子共价修饰” 是啥意思呢？标题和内容都没有写清楚你想达到的目的。

hucuiyun000 · 发表于 2015-5-11 09:40:16

已有蛋白质的结构，之后对蛋白进行了小分子修饰，由于结构变化不大，就觉得没有必要解析结构了，就想简单地做个模型。

hucuiyun000 · 发表于 2015-5-11 10:37:18

川大-灰太狼发表于 2015-5-11 10:33
如果只是想做个图，使用Yasara、Pymol、Chimera、VMD都可以作图。

还是希望能通过Amber进行简单计算后得到一个系综，看小分子的构象如何改变，以及蛋白主体构象会如何改变.

川大-灰太狼 · 发表于 2015-5-11 10:44:54

hucuiyun000 发表于 2015-5-11 10:37
还是希望能通过Amber进行简单计算后得到一个系综，看小分子的构象如何改变，以及蛋白主体构象会如何改变. ...

修饰后的蛋白可能需要对应的用amber做一个相应的力场，这样才能让amber识别。当然也可以选择yasara，可以不用自己修改力场文件，就可以跑分子动力学了。
其实你的意思我到现在还是在猜测，如果你说的小分子和蛋白是独立的，修改小分子后做对接，然后跑md就行。如果你说的小分子是共价键链接在蛋白上的，就像我上面说的那样，你需要修改amber的力场文件，再跑md。

hucuiyun000 · 发表于 2015-5-11 11:10:42

川大-灰太狼发表于 2015-5-11 10:44
修饰后的蛋白可能需要对应的用amber做一个相应的力场，这样才能让amber识别。当然也可以选择yasara，可以 ...

小分子的力场已经拿到了，并且已经做了minimization。您的意思是说我如果想要拿到一个复合物Model 的系综还是需要做MD么?

hucuiyun000 · 发表于 2015-5-11 17:24:57

川大-灰太狼发表于 2015-5-11 11:48
是的，如果你想要考察这个小分子与蛋白的结合是否是稳定的，则需要跑分子动力学（MD），如果只是看看结合 ...

谢谢灰太狼

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