小分子间RMSD计算编程可旋转对称结构如何处理？

maoboo · 发表于 2015-3-17 10:38:08

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我正在用python3写一个脚本来计算对接后分子pose和原晶体结构中pose的rmsd，但是个别分子因为含有可旋转的对称结构比如一个苯基（如下图），肉眼看其位置是一样的而且是等效的，但是如果按分子文件中的原子顺序来看分子1的C23在A处，分子B的C23在B处，这样计算出来的RMSD差别比较大，这个如何处理？

maoboo · 发表于 2015-3-17 10:41:01

有没有现成的可解决此问题的计算rmsd的方法推荐？

pesticide_ccnu · 发表于 2015-3-17 10:55:24

能自己写RMSD比较的脚本先膜拜下楼主
adt里面默认的rmsd都是考虑了空间构象的对于lz的情况 RMSD接近0 楼主尝试可以找找相关的py可执行程序参考下

maoboo · 发表于 2015-3-17 11:06:12

pesticide_ccnu 发表于 2015-3-17 10:55
能自己写RMSD比较的脚本先膜拜下楼主
adt里面默认的rmsd都是考虑了空间构象的对于lz的情况 RMSD接近0 楼 ...

好的，我找找看下，版主你在bioms群里面昵称是什么？

川大-灰太狼 · 发表于 2015-3-17 15:14:03

以前数据挖掘写过一个脚本，只是用C写的。可以参考
http://bioms.org/forum.php?mod=v ... 4&highlight=rms

maoboo · 发表于 2015-3-17 15:46:08

川大-灰太狼发表于 2015-3-17 15:14
以前数据挖掘写过一个脚本，只是用C写的。可以参考
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=304& ...

他的这个我看过的，思路和我是一样的，都没有对这种问题进行处理。大家谁知道对称检查算法（symmetry
checking algorithm）？对称检测算法扫描参考分子所有原子的坐标,然后选择离得最近的相同类型的原子计算它们之间距离,得到总的距离的平方和。

maoboo · 发表于 2015-3-17 16:22:48

pesticide_ccnu 发表于 2015-3-17 10:55
能自己写RMSD比较的脚本先膜拜下楼主
adt里面默认的rmsd都是考虑了空间构象的对于lz的情况 RMSD接近0 楼 ...

我在mgltool的文件夹里面找到了一个rmsd计算的py文件，只是一个计算两个坐标列表之间的rmsd的类，同样没有对于空间对称性的处理。autodock里面rmsnosym参数是关于分子对称性的，这个应该是在autodock里面实现的吧。我看找得到不。

fireflying · 发表于 2015-3-17 21:59:20

http://lephar.com/download.htm

To calculate RMSD values of docking poses of a small molecule relative to its native pose in an X-ray structure via structural match accounting for symmetry

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