二面角PCA

dongdawn

我想做二面角主成份分析，mk_angndx -s md.tpr -n dangle.ndx -type dihedral产生以下文件，可是phi中的三个数字是什么意思呢？再接下来的g_angle -f foo.xtc -s foo.tpr -n dangle.ndx -or dangle.trr -type dihedral中需要选择这些group中的一个，我该选哪个？

[ Phi=0.0_3_3.35 ]
   706   708   712   713   706   708   712   714   706   708   712   720
[ Phi=0.0_4_-1.26 ]
   708   712   720   721   708   712   720   722
[ Phi=0.0_1_1.26 ]
   708   712   720   722
[ Phi=0.0_2_2.51 ]
   713   712   720   721   713   712   720   722   714   712   720   721
   714   712   720   722
[ Phi=180.0_1_1.67 ]
   713   712   720   722   714   712   720   721
[ Phi=0.0_3_0.04 ]
   739   738   741   744   740   738   741   744
[ Phi=180.0_1_1.00 ]
   738   741   744   745
[ Phi=0.0_3_1.55 ]
   738   741   744   745
[ Phi=0.0_3_1.17 ]
   742   741   744   745   743   741   744   745   741   744   745   746
   741   744   745   747   741   744   745   748

kangsgo

楼主解决没有，同问