swiss model的一些疑问

graper2010

最近学习建模，主要是做一个还原酶的改造。使用swiss-model自动建模，选用模板相似度41.77%，33.87%，33.55%，31.19%，都是无配基的pdb文件。分辨率在1.9到2.4之间。最终得到四个模型01-04，拉式图各个模型分别8个，12个，11个，15个AA在紫圈外（DS软件）。不知道这四个模型结果该选用哪个作为下一步的突变起始模板？

另外使用这四个模型用B-fitter软件分析，得出那些可能突变会提高热稳定性的位点，结果相差太大，要是想做迭代饱和突变会死人的{:soso_e153:}，具体结果见附件啊!
拉式图及B-fitter计算结果在附件中是按照1-4模型的顺序排列的。

菜鸟新手，求解答啊。。。。

@[size=11.666666030883789px]川大-灰太狼 听从意见发帖啦

墨竹晓风

个人建议，选择41.77%的。但是这个相似度也比较低的，直接做突变担心结果不太理想。

大工-阿里巴巴

如果这样，建议你用多模板建模，建出一个单独的模型，并进行优化。可以考虑采用学术免费得Modeller,或者新手更为友好的商业软件YASARA。此外，如果用B-FITTER,主要是根据残基的RMSF值进行换算，需要跑MD，基本就可以尝试CASTing啦

graper2010

墨竹晓风 发表于 2015-1-24 15:29
个人建议，选择41.77%的。但是这个相似度也比较低的，直接做突变担心结果不太理想。 ...

谢谢你的回复 最近也在学习使用DS给这个蛋白做建模   模型错了就可能悲剧了  和定向进化不一样

graper2010

大工-阿里巴巴 发表于 2015-1-24 22:47
如果这样，建议你用多模板建模，建出一个单独的模型，并进行优化。可以考虑采用学术免费得Modeller,或者新 ...

谢谢管理员回复 嘿嘿   这么多软件还在学习摸索阶段 。。。  yasara软件是挺好的  界面啥的都好 看文献和3DM程序可以结合使用   要是筛酶用3DM估计还是挺爽的  就是要收费版的yasara啊

大工-阿里巴巴

graper2010 发表于 2015-1-26 11:00
谢谢管理员回复 嘿嘿   这么多软件还在学习摸索阶段 。。。  yasara软件是挺好的  界面啥的都好 看文献和 ...

3DM适用的酶家族还是比较有限的，你要是做定向进化，可以多看看半理性设计方面的文献，活性口袋内部的残基，可以考虑利用理性设计的手段，比如MD和DOCKING,还有一些专门的酶设计软件，比如rosetta进行设计，这部分主要可以改善Km然后再结合directed evolution,去尝试加强酶对特定底物的kcat

kangsgo

大工-阿里巴巴 发表于 2015-1-24 22:47
如果这样，建议你用多模板建模，建出一个单独的模型，并进行优化。可以考虑采用学术免费得Modeller,或者新 ...

阿里巴巴，CASTing可以简单介绍一下嘛？