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swiss model的一些疑问

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发表于 2015-1-24 11:22:06 | 显示全部楼层 |阅读模式

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最近学习建模,主要是做一个还原酶的改造。使用swiss-model自动建模,选用模板相似度41.77%,33.87%,33.55%,31.19%,都是无配基的pdb文件。分辨率在1.9到2.4之间。最终得到四个模型01-04,拉式图各个模型分别8个,12个,11个,15个AA在紫圈外(DS软件)。不知道这四个模型结果该选用哪个作为下一步的突变起始模板?

另外使用这四个模型用B-fitter软件分析,得出那些可能突变会提高热稳定性的位点,结果相差太大,要是想做迭代饱和突变会死人的{:soso_e153:},具体结果见附件啊!
拉式图及B-fitter计算结果在附件中是按照1-4模型的顺序排列的。

菜鸟新手,求解答啊。。。。

@[size=11.666666030883789px]川大-灰太狼 听从意见发帖啦

swiss model 结果及B-fitter软件计算.docx

799.76 KB, 下载次数: 49

发表于 2015-1-24 15:29:31 | 显示全部楼层
个人建议,选择41.77%的。但是这个相似度也比较低的,直接做突变担心结果不太理想。
发表于 2015-1-24 22:47:33 | 显示全部楼层
如果这样,建议你用多模板建模,建出一个单独的模型,并进行优化。可以考虑采用学术免费得Modeller,或者新手更为友好的商业软件YASARA。此外,如果用B-FITTER,主要是根据残基的RMSF值进行换算,需要跑MD,基本就可以尝试CASTing啦
 楼主| 发表于 2015-1-26 10:56:52 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2015-1-24 15:29
个人建议,选择41.77%的。但是这个相似度也比较低的,直接做突变担心结果不太理想。 ...

谢谢你的回复 最近也在学习使用DS给这个蛋白做建模   模型错了就可能悲剧了  和定向进化不一样
 楼主| 发表于 2015-1-26 11:00:27 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2015-1-24 22:47
如果这样,建议你用多模板建模,建出一个单独的模型,并进行优化。可以考虑采用学术免费得Modeller,或者新 ...

谢谢管理员回复 嘿嘿   这么多软件还在学习摸索阶段 。。。  yasara软件是挺好的  界面啥的都好 看文献和3DM程序可以结合使用   要是筛酶用3DM估计还是挺爽的  就是要收费版的yasara啊
发表于 2015-1-29 20:39:11 | 显示全部楼层
graper2010 发表于 2015-1-26 11:00
谢谢管理员回复 嘿嘿   这么多软件还在学习摸索阶段 。。。  yasara软件是挺好的  界面啥的都好 看文献和 ...

3DM适用的酶家族还是比较有限的,你要是做定向进化,可以多看看半理性设计方面的文献,活性口袋内部的残基,可以考虑利用理性设计的手段,比如MD和DOCKING,还有一些专门的酶设计软件,比如rosetta进行设计,这部分主要可以改善Km然后再结合directed evolution,去尝试加强酶对特定底物的kcat
发表于 2016-1-16 16:14:58 | 显示全部楼层
大工-阿里巴巴 发表于 2015-1-24 22:47
如果这样,建议你用多模板建模,建出一个单独的模型,并进行优化。可以考虑采用学术免费得Modeller,或者新 ...

阿里巴巴,CASTing可以简单介绍一下嘛?
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