yasara的distance测定

tianpingpei

我想用yasara测定我的模拟的pdb的其中F71和Y354两个氨基酸残基的苯环之间的距离，不知道具体怎么操作，有人能指导下吗？谢谢

lrf1980

试试这个，analyze-geometry-group distance， 选你要的两个氨基酸，然后在console里会输出结果

tianpingpei

yasara选择的时候，好像只能选择单个的原子，选择苯环不行。我后来查论坛，发现这个可以用pymol做pseudoatom， 来测定质心距，但是根据灰太狼他们的帖子。输入命令，pymol显示SyntaxError: invalid syntax

lrf1980

tianpingpei 发表于 2015-1-16 13:43
yasara选择的时候，好像只能选择单个的原子，选择苯环不行。我后来查论坛，发现这个可以用pymol做pseudoato ...

可以的吧，告诉你的蛋白质code，我试试看

tianpingpei

我的是自己模拟的pdb，您能告诉我pymol做pseudoatom吗？我那个确实是做质心距离测定.灰太狼提供的方法，我在我的pymol上面运行不了

lrf1980

tianpingpei 发表于 2015-1-16 13:43
yasara选择的时候，好像只能选择单个的原子，选择苯环不行。我后来查论坛，发现这个可以用pymol做pseudoato ...

菜单里是group distance，其实是可以选择整个氨基酸或者苯环的，我试过了。你按住control键选多个原子就好。等会儿贴个图给你看看

tianpingpei

嗯嗯，谢谢，我看就是标准的单个的原子，就不知道如何选择整个苯环，才开始接触yarasa，所以使用的技术很差

lrf1980

tianpingpei 发表于 2015-1-16 20:34
嗯嗯，谢谢，我看就是标准的单个的原子，就不知道如何选择整个苯环，才开始接触yarasa，所以使用的技术很差 ...

按住control就可以复选的。网速太慢，上传就出问题。
你在analyze菜单里，选择geometry，group distance，会跳出一个菜单，这个菜单有四列，第一列sequence，第二列是氨基酸代码及编号，第三列是name，第四列是belongs to or has

你在第二列找到你需要的那个氨基酸，对应的代码及编号，按住control复选该氨基酸代码全部，然后在belongs 那栏选aromatic,这样就选中了第一个氨基酸的苯环，点ok，会再次跳出该菜单，同样的办法选第二个氨基酸的苯环

然后在console里就会出来两个苯环的距离

如果console看不到，在yasara界面下，敲一下键盘空格键

tianpingpei

按照您提供的步骤，结果是这样的[Distance 1110  CZ  PHE   71   - 5488  CD1 TYR  354  :     7.551 A
Distance 1110  CZ  PHE   71   - 5490  CE1 TYR  354  :     7.159 A
Distance 1110  CZ  PHE   71   - 5492  CD2 TYR  354  :     8.403 A
Distance 1110  CZ  PHE   71   - 5494  CE2 TYR  354  :     8.055 A
Distance 1110  CZ  PHE   71   - 5496  CZ  TYR  354  :     7.428 A
>_                                                                  
那一个是两个氨基酸的苯环的距离啊

lrf1980

tianpingpei 发表于 2015-1-16 21:34
按照您提供的步骤，结果是这样的[Distance 1110  CZ  PHE   71   - 5488  CD1 TYR  354  :     7.551 A
Dis ...

补全图片，最近一直出差，没有时间来传，很抱歉。