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[YASARA] yasara的distance测定

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发表于 2015-1-16 00:15:46 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我想用yasara测定我的模拟的pdb的其中F71和Y354两个氨基酸残基的苯环之间的距离,不知道具体怎么操作,有人能指导下吗?谢谢
发表于 2015-1-16 12:54:36 | 显示全部楼层
试试这个,analyze-geometry-group distance, 选你要的两个氨基酸,然后在console里会输出结果
 楼主| 发表于 2015-1-16 13:43:20 | 显示全部楼层
yasara选择的时候,好像只能选择单个的原子,选择苯环不行。我后来查论坛,发现这个可以用pymol做pseudoatom, 来测定质心距,但是根据灰太狼他们的帖子。输入命令,pymol显示SyntaxError: invalid syntax
发表于 2015-1-16 15:22:42 | 显示全部楼层
tianpingpei 发表于 2015-1-16 13:43
yasara选择的时候,好像只能选择单个的原子,选择苯环不行。我后来查论坛,发现这个可以用pymol做pseudoato ...

可以的吧,告诉你的蛋白质code,我试试看
 楼主| 发表于 2015-1-16 16:13:07 | 显示全部楼层
我的是自己模拟的pdb,您能告诉我pymol做pseudoatom吗?我那个确实是做质心距离测定.灰太狼提供的方法,我在我的pymol上面运行不了
发表于 2015-1-16 20:29:10 | 显示全部楼层
tianpingpei 发表于 2015-1-16 13:43
yasara选择的时候,好像只能选择单个的原子,选择苯环不行。我后来查论坛,发现这个可以用pymol做pseudoato ...

菜单里是group distance,其实是可以选择整个氨基酸或者苯环的,我试过了。你按住control键选多个原子就好。等会儿贴个图给你看看
 楼主| 发表于 2015-1-16 20:34:29 | 显示全部楼层
嗯嗯,谢谢,我看就是标准的单个的原子,就不知道如何选择整个苯环,才开始接触yarasa,所以使用的技术很差
发表于 2015-1-16 20:47:57 | 显示全部楼层
本帖最后由 lrf1980 于 2015-1-16 20:51 编辑
tianpingpei 发表于 2015-1-16 20:34
嗯嗯,谢谢,我看就是标准的单个的原子,就不知道如何选择整个苯环,才开始接触yarasa,所以使用的技术很差 ...

按住control就可以复选的。网速太慢,上传就出问题。
你在analyze菜单里,选择geometry,group distance,会跳出一个菜单,这个菜单有四列,第一列sequence,第二列是氨基酸代码及编号,第三列是name,第四列是belongs to or has

你在第二列找到你需要的那个氨基酸,对应的代码及编号,按住control复选该氨基酸代码全部,然后在belongs 那栏选aromatic,这样就选中了第一个氨基酸的苯环,点ok,会再次跳出该菜单,同样的办法选第二个氨基酸的苯环

然后在console里就会出来两个苯环的距离

如果console看不到,在yasara界面下,敲一下键盘空格键



 楼主| 发表于 2015-1-16 21:34:09 | 显示全部楼层
按照您提供的步骤,结果是这样的[Distance 1110  CZ  PHE   71   - 5488  CD1 TYR  354  :     7.551 A
Distance 1110  CZ  PHE   71   - 5490  CE1 TYR  354  :     7.159 A
Distance 1110  CZ  PHE   71   - 5492  CD2 TYR  354  :     8.403 A
Distance 1110  CZ  PHE   71   - 5494  CE2 TYR  354  :     8.055 A
Distance 1110  CZ  PHE   71   - 5496  CZ  TYR  354  :     7.428 A
>_                                                                  
那一个是两个氨基酸的苯环的距离啊
发表于 2015-2-8 21:13:52 | 显示全部楼层
tianpingpei 发表于 2015-1-16 21:34
按照您提供的步骤,结果是这样的[Distance 1110  CZ  PHE   71   - 5488  CD1 TYR  354  :     7.551 A
Dis ...

补全图片,最近一直出差,没有时间来传,很抱歉。
selection.png
group distance.png
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