Caver！Caver生成的结果文件，view.py显示通道的问题

shellin · 发表于 2014-9-11 15:01:58

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本帖最后由 shellin 于 2014-9-12 11:12 编辑

Caver的生成文件用pymol查看，主要是view.py和view_timeless.py。view_timeless.py中显示的是很多不同颜色线状的通道，而view.py中显示的是sphere状的通道。----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
为什么在view_timeless.py中的多条通道到view.py就变少了，只剩几条了呢，选择依据是什么。比如说生成了8个tunnel，按照tunnel1,2,3,4,5,6,7.....编号排列，在view_timeless.py中全部显示出来了，理论上排的越靠前的通道越好，view_timeless.py中占的条数越多，表明多个pdb含有这个通道，但是到了view.py中可能就只显示1,3,8了，为什么呢-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
表达能力差，希望说清楚问题了。点名阿里巴巴师兄，在Caver上帮忙解决了很多问题。本来想在群里提问，后来觉得还是应该到论坛来问，受益更多人。----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
观察了Caver的log文件，在生成可视化的文件时使用了：Cluster subsampling for visualization: random. 意思应该是对产生的通道进行了随机的二次抽样，然后显示出来。但是在另一个计算中的view.py里却没有显示任何通道，如果是随机抽样，怎么也得抽到一个吧，疑问。-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
答案已经知道，view.py实际上是动态的通道，显示的是每个snapshot的通道，而打开界面显示的仅仅是第一个snapshot的通道，才会出现上述问题。

川大-灰太狼 · 发表于 2014-9-11 16:36:42

非常赞成与更多朋友分享问题和经验！力鼎！

shellin · 发表于 2014-9-11 18:42:47

川大-灰太狼发表于 2014-9-11 16:36
非常赞成与更多朋友分享问题和经验！力鼎！

谢谢大狼来顶~

shellin · 发表于 2014-9-11 18:52:40

是谢谢太狼

川大-灰太狼 · 发表于 2014-9-12 17:09:05

哈哈！不客气，应该的支持！

cuiyoutian · 发表于 2014-10-29 21:46:04

当时我也有这个困惑。谢谢lz总结。。。

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[Pymol] Caver！Caver生成的结果文件，view.py显示通道的问题

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