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[Pymol] Caver!Caver生成的结果文件,view.py显示通道的问题

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发表于 2014-9-11 15:01:58 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 shellin 于 2014-9-12 11:12 编辑

Caver的生成文件用pymol查看,主要是view.py和view_timeless.py。view_timeless.py中显示的是很多不同颜色线状的通道,而view.py中显示的是sphere状的通道。----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
为什么在view_timeless.py中的多条通道到view.py就变少了,只剩几条了呢,选择依据是什么。比如说生成了8个tunnel,按照tunnel1,2,3,4,5,6,7.....编号排列,在view_timeless.py中全部显示出来了,理论上排的越靠前的通道越好,view_timeless.py中占的条数越多,表明多个pdb含有这个通道,但是到了view.py中可能就只显示1,3,8了,为什么呢-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
表达能力差,希望说清楚问题了。点名阿里巴巴师兄,在Caver上帮忙解决了很多问题。本来想在群里提问,后来觉得还是应该到论坛来问,受益更多人。----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
观察了Caver的log文件,在生成可视化的文件时使用了:Cluster subsampling for visualization: random. 意思应该是对产生的通道进行了随机的二次抽样,然后显示出来。但是在另一个计算中的view.py里却没有显示任何通道,如果是随机抽样,怎么也得抽到一个吧,疑问。-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
答案已经知道,view.py实际上是动态的通道,显示的是每个snapshot的通道,而打开界面显示的仅仅是第一个snapshot的通道,才会出现上述问题。


发表于 2014-9-11 16:36:42 | 显示全部楼层
非常赞成与更多朋友分享问题和经验!力鼎!
 楼主| 发表于 2014-9-11 18:42:47 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2014-9-11 16:36
非常赞成与更多朋友分享问题和经验!力鼎!

谢谢大狼来顶~
 楼主| 发表于 2014-9-11 18:52:40 | 显示全部楼层
是谢谢太狼
发表于 2014-9-12 17:09:05 | 显示全部楼层
哈哈!不客气,应该的支持!
发表于 2014-10-29 21:46:04 | 显示全部楼层
当时我也有这个困惑。谢谢lz总结。。。
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