关于AutoDock Vina做柔性对接的问题

小萌物

问一个AutoDock Vina做柔性对接的问题，谢谢大家！用ADT 1.5.6设定几个空穴氨基酸残基为柔性的，保存Flexible.pdbqt 和Rigid.pdbqt，用AutoDock Vina做柔性对接时，出现以下错误：

1. WARNING: Could not find any conformations completely within the search space.
   
2. WARNING: Check that it is large enough for all movable atoms, including those in the flexible side chains.

复制代码

对接的代码：

1. "vina路径" --receptor "rigid.pdbqt路径" --flex "flexible.pdbqt路径" --ligand "ligand.pdbqt路径" --log "result.log路径" --center_x -28.6 --center_y 13.3 --center_z 22.1 --size_x 17.6 --size_y 16.5 --size_z 20.2

复制代码

用同样的盒子参数进行普通的对接是可行的，可以得到在搜索空间内的对接结果。
Flexible.PDBQT 和Rigid.PDBQT是按照官方AutoDock 4.2 User Guide（pp. 17-18）操作得到的，见附件 原始文件.rar (166.48 KB, 下载次数: 122)

2014-8-28 10:05 上传

点击文件名下载附件
Flexible.pdbqt 和Rigid.pdbqt以及原始蛋白 。

墨竹晓风

小萌物 发表于 2014-8-28 21:51
呵呵，我自己发现了问题出在哪里了：Check that it is large enough for all movable atoms,  ...

不错不错，图很直观好看。
柔性氨基酸一般都根据文献的，有些软件可以预测柔性，比如ADT和GOLD，但是还是文献的靠谱

川大-灰太狼

小萌物 发表于 2014-8-28 21:51
呵呵，我自己发现了问题出在哪里了：Check that it is large enough for all movable atoms,  ...

柔性残基选择：1、根据文献报道；2、根据b-factor；3、根据经验。

川大-灰太狼

原来你用的插件呀：）不错，pymol的插件还是很好用的。谢谢和大家分享！

小萌物

{:soso_e128:}呵呵，我自己发现了问题出在哪里了：Check that it is large enough for all movable atoms, including those in the flexible side chains.原来的盒子没能将flexible residues包含进来（图1）:

图 1. 盒子太小，不能容纳柔性的氨基酸

用GetBox PyMOL插件（http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1234&extra=）调整盒子大小，将柔性氨基酸包进box，得到的box（图2）用于柔性对接是可行的。

图 2. 调整后的盒子能容纳柔性的氨基酸

但还有一个问题：柔性氨基酸如何选择，根据文献？ or ?

Alecia

你好，我想问下如果我的配体是个3聚体，能用autodock吗？

川大-灰太狼

Alecia 发表于 2016-6-8 16:46
你好，我想问下如果我的配体是个3聚体，能用autodock吗？

配体是个3聚体 是什么意思呢？