动力学模拟小谈

cyang

自己做分子动力学模拟有一段时间了，根据网上别人做的一些小技巧，融入到自己的模拟中，现在给大家分享一下：
一般来说，用gromacs跑动力学模拟的速度最快，其次是NAMD、amber，MMTK最慢；我自己一般对可溶性蛋白体系用ambertools建模型，ambertools里加载小分子、金属酶体系、磷酸化信息等比较方便，当然NAMD中加入小型topology参数也不难。常用的体系平衡离子Na+、Cl-、Ca+、Mg+等可以在ambertools或vmd的autoionize中直接生成，对于需要一定离子浓度的体系，在ambertools中需要根据水盒子大小换算，在vmd中可以直接加入。对于脂溶性的膜蛋白体系，首先要建好所需要的磷脂双分子膜类型，在vmd中可以直接生成POPC、POPE两种类型的膜，这对于不严格要求分析膜作用的研究体系足够了，还可以通过http://www.charmm-gui.org在线服务器直接加入需要的膜类型，当然这里生成的体系结构有很多不合理的地方，需要优化，有时要长时动力学平衡；接下来就是嵌入膜蛋白，避免与体系其他原子overlap以及空间位置的摆放（可以在http://opm.phar.umich.edu/上查找膜蛋白的orientation,用vmd来调整摆放位置），然后就是膜两侧加水盒子，平衡离子；最后对于不同的体系采取不同步骤最小化、加热、平衡，用不同参数指标检查轨迹文件，达到平衡后的长时production拿来分析模拟过程。算结合能我通常直接用ambertools里的mmpbsa模块计算。
gromacs的模块我用起来不顺手，MMTK太耗时，基本上都是用vmd、ambertools建模，结合着NAMD或amber来模拟体系。

十年磨练

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浪模拟

楼主可以更详细的写写

fanc232

每一句话都值得认真研究啊。