请教一下用SWISS-MODEL做同源建模可信吗？？

zhangmao511 · 发表于 2014-7-1 18:58:44

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本帖最后由 zhangmao511 于 2014-7-1 19:01 编辑

想请教一下大虾们，用SWISS-MODEL做同源建模可信吗？？下图是用SWISS-MODEL对我的一个蛋白序列做的同源建模参数，大家帮忙看看怎么样？？如果用这个模板去跑分子模拟，可以吗？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2014-7-2 08:45:56

对于序列一致性高的模板和目标蛋白，什么模建软件都能给出基本合理的结果，50%算中等，SWISS-MODEL得到的模型，你需要关注一下活性位点附近残基的保守情况。此外，序列比对的结果可能需要手工调整。

zhangmao511 · 发表于 2014-7-2 18:49:31

关注活性位点附近残基的保守情况？？我发个我模板的图帮忙看下，我关注的是框红的K位点，但是它周围貌似都没比对上。

zhangmao511 · 发表于 2014-7-2 18:51:00

大工-阿里巴巴发表于 2014-7-2 08:45

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对于序列一致性高的模板和目标蛋白，什么模建软件都能给出基本合理的结果，50%算中等，SWISS-MODEL得到的模 ...

关注活性位点附近残基的保守情况？？我发个我模板的图帮忙看下，我关注的是框红的K位点，但是它周围貌似都没比对上。这样……？？？

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