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请教一下用SWISS-MODEL做同源建模可信吗??

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发表于 2014-7-1 18:58:44 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 zhangmao511 于 2014-7-1 19:01 编辑

想请教一下大虾们,用SWISS-MODEL做同源建模可信吗??下图是用SWISS-MODEL对我的一个蛋白序列做的同源建模参数,大家帮忙看看怎么样??如果用这个模板去跑分子模拟,可以吗?



QQ图片20140701185825.jpg
发表于 2014-7-2 08:45:56 | 显示全部楼层
对于序列一致性高的模板和目标蛋白,什么模建软件都能给出基本合理的结果,50%算中等,SWISS-MODEL得到的模型,你需要关注一下活性位点附近残基的保守情况。此外,序列比对的结果可能需要手工调整。
 楼主| 发表于 2014-7-2 18:49:31 | 显示全部楼层
关注活性位点附近残基的保守情况??我发个我模板的图帮忙看下,我关注的是框红的K位点,但是它周围貌似都没比对上。


新图.png
 楼主| 发表于 2014-7-2 18:51:00 | 显示全部楼层

关注活性位点附近残基的保守情况??我发个我模板的图帮忙看下,我关注的是框红的K位点,但是它周围貌似都没比对上。这样……???



新图.png
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