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[Gromacs] Gromacs模拟温度耦合和压力耦合选择算法的问题,感谢!

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发表于 2014-6-23 17:09:01 | 显示全部楼层 |阅读模式

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想请教大侠们,Gromacs模拟的时候,MDP配置文件里的温度耦合(Temperature coupling)的berendsen,nose-hoover,v-rescale选哪个算法好啊……?还有其压力耦合的berendsen,Parrinello-Rahman选哪个好呢??我在温度和压力耦合,选哪个算法上一直纠结不前。。。。我的体系很简单,就是一个蛋白在水溶液中。有没有大虾,能讲解一下这些选择这些算法的区别,以及对最后MD的结果产生的影响呢…………??万分感谢!
发表于 2014-8-12 20:06:38 | 显示全部楼层

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手册上这些都有讲述,你可以仔细看看。。
 楼主| 发表于 2014-8-14 10:42:58 | 显示全部楼层

你说的手册是指的Gromacs官方的manual吗??
这个……??这个上面讲的比较少啊。。


QQ图片20140814103930.jpg
发表于 2014-8-24 23:23:03 | 显示全部楼层
zhangmao511 发表于 2014-8-14 10:42
你说的手册是指的Gromacs官方的manual吗??
这个……??这个上面讲的比较少啊。。

算法没有好坏,只要你能跑出你想要的结果就是好算法,现在你所纠结的这个问题根本不需要,新人可以直接按教程走的,手册4.6.2第198和199页的东西已经够了。
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